大象的研究空间分享 http://blog.sciencenet.cn/u/jingzishiren

博文

[转载]MS学习心得——吸附常规设置【转载】

已有 1265 次阅读 2023-5-9 13:59 |个人分类:MS学习心得|系统分类:科研笔记|文章来源:转载

版权声明:本文为CSDN博主「斐波那契的兔几」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。

原文链接:https://blog.csdn.net/qq_62639060/article/details/122398886

---------------------------------------------

写在前面,刚上手一周左右,建立模型后跑起来就是比较机械化的流程了。在这里写一个简明教程算是备忘。如有不足之处欢迎指正。

---------------------------------------------

使用如图所示的sorption模块对所建立的模型进行计算。

1.png

 TASK选择自己需要的模块,我这里选择的是Fixed pressure。

2.png

设置steps & Temperature。

3.png

选择method。

简单粗暴的选择依据:简单分子选metropolis,链状分子选configurational bias

4.png

选择吸附质sorbates,将浓度转化为压力fugacity并设置。

5.png

选择力场forcefield,一般选用COMPASS/COMPASS II。

6.png

 取消C.A.前面的勾选后,点击calculate和assign,然后勾选C.A.。

7.png

 设置Total charge tolerance,数值越小,我们后面观察到的精度越高。

8.png

 设置静电力为Ewald & Group,设置范德华力为Atom based。

注意:红圈里的截断半径不能超过模型所在盒子短边边长的一半

9.png

 然后就可以run了。

---------------------------------------------

几个小时后,这是successful的样子,吸附质被吸附在模型表面。

10.png

 这是结束后输出的文件。点击红圈里的文件,可以看到里面有loading和Isosteric heats这两个我们需要的参数。

11.png

---------------------------------------------

题外,下面两张是百度到的结果分析技巧。

12.png

13.png

————————————————

版权声明:本文为CSDN博主「斐波那契的兔几」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。

原文链接:https://blog.csdn.net/qq_62639060/article/details/122398886




https://blog.sciencenet.cn/blog-829852-1387356.html

上一篇:逆浪——致最美的逆行者
收藏 IP: 110.16.13.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-19 13:13

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部