ped文件包含内容的顺序依次为以下

信息备注

Family ID

可以用1,2,3,4……表示

Individual ID

用入库编号表示

Paternal ID

可以用0表示

Maternal ID

可以用0表示

Sex

1=male; 2=female; other = unknown

Phenotype

control设定为1，case设定为2

Genotype

如A T，中间空一格，缺失用0补平

map文件包含内容的顺序依次为以下

信息备注

chromosome

1-22, X, Y or 0 if unplaced

rs# or snp identifier

rs号

Genetic distance (morgans) 

可以用0代替

Base-pair position (bp units)

用NCBI上的染色体起始位置

运行命令

功能

plink --file 1 --make-bed --out 2

转成二进制文件，2即为二进制文件了

plink --bfile 2 --maf 0.01 --geno 0.05 --mind 0.05 --hwe 0.001 --make-bed --out 3

设定过滤数据

plink --bfile 3 --filter-controls –hardy

计算control的hw，将hwe<0.05的位点过滤掉，23个SNP又去掉了2个SNP

plink --bfile 3 --assoc --adjust --out assoc1

等位基因的关联分析，每运行后及时更改文件名称（assoc1+时间）

plink --bfile 3 --filter-females –assoc --adjust --out 333

女性样本关联分析

plink --bfile 3 --filter-males –assoc --adjust --out 444

男性样本关联分析

plink –bfile 3 –assoc–perm  

permutation检验，就是模特卡罗模拟分析经验性的P值

plink –bfile 3 –all --missing

缺失率或得出率（call rate）分析，查看log文件结果

plink –bfile 3 –model –out model 1

默认是卡方检验

plink –bfile 3 –model –fisher

fisher检验，但是结果比卡方检验差

plink –bfile 3 –logistic--ci 0.95 --covar var01.txt

分析所有的协变量

plink –bfile 3 –logistic –covar var01.txt –covar-number 1,3,5

只分析1,3,5这几个协变量

plink –bfile 3 –logistic –sex

plink –file 1 –logistic –ci 0.95

加性模式下分析

plink –file 1 –logistic –ci 0.95 –dominant

显性模式下分析

plink –file 1 –logistic –ci 0.95 –recessive

隐性模式下分析

plink –file 1 –logistic –ci 0.95 –genotypic         

基因型分析

plink --file 1 –logistic –ci 0.95 –covar var01.txt –covar-number 1,2,4-6

加性模式下分析

plink --file 1 –logistic –ci 0.95 –covar var01.txt –covar-number 1,2,4-6 –dominant

显性模式下分析

plink –file 1 –logistic –ci 0.95 –covar var01.txt –covar-number 1,2,4-6 –recessive

隐性模式下分析

plink –file 1 –logistic –ci 0.95 –covar var01.txt –covar-number 1,2,4-6 –genotypic

基因型下分析

plink –bfile 3 –hap-snps rs653667,rs2261434 –hap-assoc

单倍型分析

Plink –bfile 3 –filter-cases

只包含cases

Plink –bfile 3 –filter-controls

只包含controls

Plink –bfile 3 –filter-males

只包含males

Plink –bfile 3 –filter-females

只包含females

plink –bfile 3 --filter-females –logistic –ci 0.95

默认加性模型

plink –bfile 3 --filter-females –logistic –ci 0.95 –dominant

plink –bfile 3 --filter-females –logistic –ci 0.95 –recessive

plink –bfile 3 --filter-females –covar var01.txt --covar-number 1,2,4,8,9 --logistic –ci 0.95

默认加性模型

plink –bfile 3 --filter-females –covar var01.txt --covar-number 1,2,4,8,9 ––logistic –ci 0.95 –dominant

plink –bfile 3 --filter-females –covar var01.txt --covar-number 1,2,4,8,9 ––logistic –ci 0.95 –recessive