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转录组数据分析之tophat篇
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- TopHat简介
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。
其上游软件是Bowtie，下游是Cufflinks。
理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也能对其它来源的数据进行分析，但不保证成功。它针对75bp以上长度的短序进行了优化。
在使用TopHat前，必须将Bowtie的可执行文件的目录输出到PATH变量中去，例：
export PATH=$PATH:/share/sbin/bowtie
确保TopHat可以运行bowtie, bowtie-inspect以及bowtie-build。
还需要下载安装samtools。
- Tophat的安装：
可参见贴子，可参见贴子：http://seq.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=678
- TopHat的使用范例：
tophat [options]* <ebwt_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]
- tophat的参数，解释其中一部分：
| -o/--output-dir <string> | 输出 目录。默认值为 “./tophat_out”. |
| -r/--mate-inner-dist <int> | 比对时两成对引物间的距离中值。比如说，如果你的插入片段有300bp，而每个引物有50bp，那么r值就应该是200=(300+50*2)/2。没有默认值，如果是末端配对比对时这个值是必须的。 |
| --mate-std-dev <int> | 末端配对时中间插入片段的长度的标准差，默认值为20bp |
| -a/--min-anchor-length <int> | 锚定点长度”anchor length”. TopHat可以判断junction(剪切拼接)。这需要设定锚定点的最短长度，最短不能少于3，默认值为8 |
| -m/--splice-mismatches <int> | 锚定点范围内错配的个数。默认值为0 |
| -i/--min-intron-length <int> | 最短的内含子长度。默认值为70 |
| -I/--max-intron-length <int> | 最长的内含子长度。默认值为500000. |
| --max-insertion-length <int> | 比对时插入错配最长的长度，默认值为3. |
| --max-deletion-length <int> | 比对时缺失的最长长度，默认值为3. |
https://blog.sciencenet.cn/blog-777771-610177.html
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