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FASTX-Toolkit
主页: http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
下载:http://hannonlab.cshl.edu/fastx_ ... it-0.0.13.2.tar.bz2
截图
常用程序:fastx_quality_stats;fastq_quality_boxplot_graph.sh;fastx_nucleotide_distribution_graph.sh
程序说明:顾名思义
备注:易用,推荐;帮助文件简明易懂
SolexaQA
主页:http://solexaqa.sourceforge.net/
下载:http://sourceforge.net/projects/ ... wnload?source=files
截图
程序:SolexaQA.pl
备注:易用,推荐;帮助文件清晰
Picard
主页:http://picard.sourceforge.net/
下载:http://sourceforge.net/projects/ ... wnload?source=files
常用程序:FastqToSam.jar;MeanQualityByCycle.jar;QualityScoreDistribution.jar;CollectGcBiasMetrics.jar;CollectInsertSizeMetrics.jar
备注:一般;帮助文件一般一般
FastQC
主页:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
下载:http://www.bioinformatics.babrah ... ownload.html#fastqc
手册
示例:
good_sequence_short_fastqc
bad_sequence_fastqc
备注:功能多,直观简便;貌似不错
PRINSEQ (PReprocessing and INformation of SEQuences)
主页:http://prinseq.sourceforge.net/
下载:http://sourceforge.net/projects/ ... wnload?source=files
FAQ
手册
备注:使用在线版对样本数据进行了测试,很好很强大!不过上传自己的数据绝对是个大问题!单机命令行版的,只能给出统计数据、无法直接输出统计图,而且非常耗系统资源;单机网页版的,没安装测试……
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