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2012年5月的《PLoS ONE》介绍了一种有参考基因组的基因定位的新方法——BSR-Seq(转录组测序结合BSA);此方法在分离群体中选择极端性状的个体构建两个池,提取两个池的总RNA,进行转录组测序,测序层数根据混池个数和物种的基因组大小。然后用经典贝叶斯算法分析转录组数据,开发SNP标记,预测候选基因。
本文用玉米gl3突变体验证了此方法的有效性,作者用gl3突变体和非突变型株系构建了F2群体,性状鉴定后各选30株极端性状植株构建混池,用Illumina GAIIx测序,测了两个lane,每个lane的数据都超过13000000的reads,通过数据分析,开发了64,000个SNP标记,把基因定位到2M的区间,基因注释分析,一个编码候选myb转录因子的基因是候选基因。
本方法的优点:1.可用于大基因组物种,因为BSR-SEQ只对mRNA测序,去除了大量的重复序列和无用序列(例如转座子序列等),减少了测序成本,是一种低价和高效的基因定位方法,这点比基于DNA测序的全基因组测序有优势。
2 因为他含有大量的RNA-seq数据,知道性状相关基因的表达模式,利用这些差异可以开发SNP标记,进一步精细定位;也可以看相关基因的表达差异确定候选基因,就像文章中的一样只有一个基因在突变体池中表达下调,就可以确定是这个基因是候选基因。
本方法的不足:1 定位的结果由亲本的多态性,测序深度,混池的个数决定,参数较多,为了得到最佳参数需要多次模拟实验。
2 需要参考基因组,但是目前测序的物种是少数限制了它的运用范围。虽然文中说如果物种的多态性高可以弥补基因组组装的好坏。
3 它是对mRNA测序,只能定位蛋白编码基因,而对一些突变发生在调控区域的基因无法定位。
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GMT+8, 2024-10-20 04:53
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