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文章千古事,得失寸心知 精选

已有 9890 次阅读 2010-1-1 12:05 |个人分类:记事|系统分类:科研笔记

梁先庭

 

 拿文章千古说事,抒发寸心得失情怀,大多有自恋之谦。古已有之,至今不绝。然而,踌躇再三,找不到更确切的字眼来描述我此刻的心情。算是嚼一次别人啃过的馒头吧。

 关于光合作用能量传输相干性的论文(arXiv:0809.0039,是07年暑假开始考虑的。先做了一个初步的模型,不久便做出了结果。我们建立了一种光合作用细菌色素(Rhodobacter sphaeroides)中能量从色团Bchl到色团Bphy传输的动力学模型,研究了两个色团激发态相干叠加的退相干时间。数值模拟与Fleming小组发表在Science 316,1462 (2007)上的实验结果进行了比较,发现两者吻合。初步的结果让我们非常兴奋。期间,应邀去日本的茨城大学与国内相关高校做了介绍。

 由于这是一个我等并不熟悉的新领域,而实验文章即涉及光生物学背景又有许多激光光谱的解读知识,因此一直没有付与成文。08年花了整个暑假的时间学习 Mukamel教授的有关激光非线性光谱方面的专著[Principles of Nonlinear Optics and Spectroscopy, New York: Oxford University Press (1995)],并反复阅读、推敲Fleming小组的相关论文,然后将研究所得写成了一个论文初稿。从此便与两位合作者进行频繁的Email交流与讨论。模拟没有问题,关键是物理模型还不十分清楚与可靠。这样,便带着问题,于0897日开始去台湾成功大学与为民讨论,并不时与益忠教授Email交换看法。

 在初稿的基础上对物理模型做了认真的修改。到081210日我们基本完成了一个相对成熟的稿子,投寄PRL09129日,从台南回到宁波的第22天,收到PRL转来的两个审稿人的审稿意见。审稿人1对文章给出了很好的评价并给出了修改意见,审稿人2做了负面评价,但推荐在JCP发表,而PRL编辑部同意我们修改重投。

 412日,我们在经过大量的讨论与修改后将第二稿重投PRL528日收到二审意见,被PRL拒了。其间变换了多位审稿人。我是觉得审稿人没有真正说服我的。但是我知道,要毙你,不见得非要给出怎么符合逻辑的意见,个中辛酸不说了。

 09612日我们在PRL二审意见的基础上对文章又做了一些修改,变换了格式改投PREPRE并没有考虑PRL审稿人1的“同意接收”的意见,又送了两位审稿人。这次又出现了两位审稿人的意见相左的情况。审稿人3给予了高度评价,同意接收发表,审稿人4又提了一大堆的意见,做了负面评价。

由于两位合作者的耐心,我们又按照第四个审稿人的意见修改,重投。8月份收到PRE的二审意见。非常意外的是,其中至少又增加了一位审稿人,两位审稿人又提了一大堆的问题,并要求对文章的结构做大幅度的调整,增加大量的计算。而关键是,他们仍然对模型不放心。我已经失去了耐心,几乎要疯掉了,写了一封措辞不很友好的Email,准备发给编辑部。幸亏冷静下来了,这封信没有发出。

我们看到,前后几位审稿人与PRE编辑在回复意见中大都肯定了文章研究内容的重要性。据我所知,PRE给予两次以上修改的机会也是不多见的。而审稿人的意见主要集中在所导出的物理模型的理解上。我们导出的模型是一个能量差与耦合项都含时的Spin-boson模型,目前还没有相关文章对此做同样的处理。于是,为了把模型的物理背景与实验设计理解得更清楚,借北京出差的机会,到中科院化学所飞秒激光实验室进行了学习与交流,有幸与我国飞秒激光化学方面的专家,化学所所孔繁敖先生等同仁进行多次交流,物理模型越来越清晰。最后在两位合作者,特别是为民教授的共同努力下,于091119日完成PRE的第二次修改,重投PRE20091222日收到PRE编辑部意见,审稿人非常满意我们做的修改与对问题的回答。PRE做出决定,同意接收发表。至此距第一次投稿已过了一年又12天。

一个有意思的细节是,审稿人4最后置疑我们选择的耦合项的取值210cm^(-1),并要求我们发信给Fleming教授获得真实的耦合量。我在很不情愿的情况下,由于合作者的敦促,向Fleming教授求援,他的学生Lee从飞秒激光器生产厂方获得了激光场强的参数,并热情地告诉了我有关的数据。按照审稿人提供的文献,我们计算获得的耦合量为209cm^(-1)。与起初我们的选择非常接近。这样,我们更加坚定了对所取模型的信心,也许正因为这才彻底说服了审稿人。

这是一次非常艰难的尝试,对于我来说也是一个重要的收获。从合作者那里学到了很多,特别是两位先生对物理异常清晰的理解使我受益良多。同时,得到了除Fleming教授小组以外的Plenioimperialuk, Chandrashekariqcca, Briegeluibkat, and Strauchwilliams)多位国外专家的关注。除了在台湾与张为民教授讨论4个月外,我与张教授就本论文Email讨论共163次,数值模拟至少进行了500次,耗费了大约480个机时。

本文说明了两个色团激发态相干叠加态的退相干时间可以达到400飞秒,这个时间为光合作用系统能量的相干传输提供了可能。然而,能量的相干传输是否确实提高能量的传输效率,实验上与理论上都还没有直接证据,我最近的一个工作从理论上给出了肯定的答复。不久将会将这一结果上传arXiv.org网站。

 

2009-12-31 于宁波大学龙赛理科楼



投稿与审稿
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