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[转载]药学计算是交叉学科吗——看AI是怎么被“忽悠”的

已有 113 次阅读 2024-12-2 09:19 |个人分类:学科前沿|系统分类:科研笔记|文章来源:转载

01药学计算是交叉学科吗

药学计算是交叉学科。以下是相关论据:

一、涉及药学与数学学科交叉

1. 药物剂量计算方面

   - 在临床药学中,精确计算药物剂量是至关重要的。例如,对于儿童用药,其剂量往往需要根据儿童的体重、体表面积来计算。计算公式如体表面积(BSA)=(体重(kg)×0.035)+0.1,药物剂量 = 成人剂量×儿童体表面积(m²)/1.73m²(假设成人平均体表面积为1.73m²)。这其中涉及到数学中的代数运算,药学工作者需要熟练运用这些数学公式来确保药物剂量的准确性,避免药物过量或不足对患者造成伤害。

2. 药物浓度计算

   - 在药剂学中,药物浓度的计算也离不开数学知识。比如,在配制一定浓度的药物溶液时,需要根据溶质(药物)的量和溶剂的量来计算浓度。浓度的计算公式如质量浓度(g/L)=溶质质量(g)/溶液体积(L)。如果要配制含药10g/L的溶液1L,就需要准确称取10g药物,然后用适量溶剂溶解并定容至1L。这涉及到数学中的单位换算和比例关系等知识。

3. 药代动力学参数计算

   - 药代动力学研究药物在体内的吸收、分布、代谢和排泄过程。其中,许多参数的计算都需要数学模型的支持。例如,计算药物的半衰期(t₁/₂),一级动力学消除的药物半衰期计算公式为t₁/₂ = 0.693/k(k为消除速率常数)。通过对血药浓度 - 时间数据进行数学分析,拟合曲线来计算这些参数,进而了解药物在体内的动态变化规律,这是药学和数学紧密结合的典型例子。

二、涉及药学与计算机科学交叉

1. 药物研发中的计算机辅助设计

   - 在药物设计阶段,计算机辅助药物设计(CADD)是一种重要的手段。它通过计算机模拟药物分子与靶点(如蛋白质受体)的相互作用。例如,基于结构的药物设计(SBDD)利用计算机软件构建药物分子和靶点蛋白的三维结构模型,通过计算分子对接(docking)分数来评估药物分子与靶点的结合亲和力。这些复杂的计算过程和模拟需要药学工作者具备计算机科学知识,包括对分子建模软件、计算化学算法等的运用。

2. 药物数据管理与分析

   - 随着药物研究产生的数据量越来越大,需要利用计算机技术进行数据管理和分析。例如,在药物临床试验中,会收集大量患者的用药反应、生理指标等数据。通过数据库管理系统(如Oracle、MySQL等)来存储和管理这些数据,并且利用数据分析软件(如SPSS、R语言等)进行统计分析,如计算药物有效率、不良反应发生率等。这体现了药学和计算机科学在数据处理方面的交叉。

三、涉及药学与物理学交叉(部分计算与物理知识有关)

1. 药物剂型物理性质计算

   - 在药剂学中,对于一些特殊剂型如乳剂、脂质体等,需要考虑其物理稳定性。例如,计算乳剂的粒径大小及其分布,这涉及到物理学中的光学原理和粒度分析技术。通过激光粒度仪等设备测量乳剂粒径时,需要运用物理原理来解释和计算测量结果,以确保药物剂型的质量和稳定性,因为粒径大小会影响药物的释放、吸收等性能。

2. 药物渗透压计算

   - 对于注射剂等剂型,药物溶液的渗透压计算很重要。根据物理化学中的渗透压公式π = cRT(π为渗透压,c为溶质的物质的量浓度,R为摩尔气体常数,T为绝对温度),可以计算出药物溶液的渗透压。如果渗透压不合适,可能会导致红细胞破裂(低渗溶液)或皱缩(高渗溶液),影响药物的安全性和有效性。这体现了药学与物理学在药物剂型物理化学性质计算方面的交叉。

 02药学计算的主要研究方法有哪些?

1. 数学建模方法

   - 定义与原理:数学建模是将药学实际问题抽象为数学问题,通过建立数学模型来描述和解决。它是药学计算的核心方法之一。例如,在药代动力学中,为了描述药物在体内的吸收、分布、代谢和排泄过程,常常采用房室模型。

   - 应用案例:以简单的一室模型为例,假设药物进入人体后瞬间均匀分布在一个“房室”(可理解为一个假想的空间,代表药物分布的区域)内,药物消除符合一级动力学过程。其数学模型可以用微分方程表示为:\(dC/dt=-kC\),其中\(C\)为血药浓度,\(t\)为时间,\(k\)为消除速率常数。通过求解这个微分方程\(C = C_{0}e^{-kt}\)(\(C_{0}\)为初始血药浓度),可以预测不同时间点的血药浓度,进而为临床给药方案的设计提供依据,如确定给药间隔和剂量。

2. 统计学方法

   - 定义与原理:统计学方法用于处理和分析药学实验数据中的变异性和不确定性。包括描述性统计、推断统计等。描述性统计用于对数据的集中趋势(如均值、中位数)、离散程度(如标准差、方差)等进行描述;推断统计则用于根据样本数据推断总体特征。

   - 应用案例:在药物临床试验中,为了比较两种药物的疗效,需要用到统计学方法。例如,采用t - 检验来比较两组患者(分别使用药物A和药物B)的某项生理指标(如血压降低值)是否有显著差异。通过计算t值和相应的P值,如果\(P < 0.05\),则认为两组之间存在统计学显著差异,从而可以判断两种药物的疗效是否不同。另外,方差分析(ANOVA)可用于比较多个组之间的差异,如比较不同剂型药物的生物利用度。

3. 计算机模拟方法

   - 定义与原理:计算机模拟是利用计算机程序对药学系统或过程进行虚拟建模和实验。它可以模拟药物分子与靶点的相互作用、药物在体内的动态过程等复杂场景。例如分子动力学模拟,通过求解牛顿运动方程来模拟分子的运动轨迹,以研究药物分子与生物大分子(如蛋白质)之间的结合模式和稳定性。

   - 应用案例:在药物设计中,通过计算机模拟软件构建药物分子和靶点蛋白的三维结构模型,进行分子对接模拟。分子对接可以预测药物分子与靶点蛋白的结合方式和亲和力。例如,研究人员可以将一系列候选药物分子与特定的疾病相关蛋白靶点进行对接模拟,根据对接得分筛选出最有可能与靶点有效结合的药物分子,为药物筛选和优化提供参考,减少实验筛选的盲目性。

4. 数值计算方法

   - 定义与原理:数值计算方法是求解药学数学模型中无法得到解析解(如精确的公式解)的问题。它通过数值逼近、迭代等方法来求解方程。例如,在求解复杂的药代动力学微分方程组时,当模型过于复杂(如考虑多个房室、非线性消除等情况),无法直接得到解析解,就需要采用数值计算方法。

   - 应用案例:常用的数值计算方法如龙格 - 库塔(Runge - Kutta)方法,用于求解常微分方程。在药代动力学多房室模型的数值求解中,龙格 - 库塔方法可以根据给定的初始条件和模型参数,通过迭代计算出不同时间点的药物浓度值。这对于研究复杂的药物体内过程,如缓释制剂的药物释放和吸收过程等非常有帮助。

5. 实验设计与优化方法

   - 定义与原理:实验设计方法用于规划药学实验,以高效地获取数据并减少实验误差。优化方法则是在实验设计的基础上,对实验条件或药物配方等进行优化。例如,采用正交设计法可以同时考察多个因素(如药物的剂量、剂型、给药途径等)对实验结果(如药物疗效)的影响,通过合理安排实验组合,用较少的实验次数获得较多的信息。

   - 应用案例:在药物制剂开发中,为了优化药物的配方,提高药物的溶出度或稳定性,可以采用实验设计与优化方法。例如,利用响应面法,通过建立药物溶出度与药物辅料用量、制备工艺参数等因素之间的数学关系(响应面模型),寻找最优的实验条件组合,使得药物溶出度达到最佳。这种方法可以有效减少实验的盲目性,提高药物制剂开发的效率。

03怎样在药学计算中融入人工智能

1. 药物研发阶段

   - 药物靶点发现

     - 原理:利用人工智能中的深度学习算法,如卷积神经网络(CNN)和循环神经网络(RNN),可以对大量的生物医学数据(包括基因序列、蛋白质结构等)进行分析。这些算法能够自动提取数据中的特征模式,帮助识别与疾病相关的潜在药物靶点。

     - 举例:通过分析癌症患者的基因测序数据,神经网络可以识别出与癌细胞增殖、转移等关键过程相关的基因靶点。与传统方法相比,人工智能可以处理更复杂的数据结构和海量的数据,大大提高靶点发现的效率和准确性。

   - 药物分子设计

     - 原理:生成对抗网络(GAN)和变分自编码器(VAE)等人工智能技术可用于生成新的药物分子结构。GAN由生成器和判别器组成,生成器可以根据学习到的药物分子分布特征生成新的分子结构,判别器则用于判断生成的分子是否符合要求。VAE能够学习药物分子的潜在空间表示,并生成具有相似性质的新分子。

     - 举例:在设计抗艾滋病药物时,研究人员可以利用GAN来生成具有潜在抗HIV活性的新分子结构。通过对大量已知抗HIV药物分子的结构和活性数据进行训练,生成器可以产生新颖的分子结构,这些结构经过进一步筛选和优化,有望成为新的药物候选物。

   - 药物活性预测

     - 原理:运用机器学习算法,如支持向量机(SVM)、随机森林(RF)等,对药物分子的化学结构特征和生物活性数据进行建模。这些模型可以预测新的药物分子或化合物的生物活性,减少实验筛选的盲目性。

     - 举例:在筛选抗肿瘤药物时,将已知抗肿瘤药物分子的结构描述符(如分子量、氢键供体/受体数量、脂水分配系数等)和其对应的抗肿瘤活性数据输入到随机森林模型中进行训练。然后,对于新合成的化合物,可以通过该模型预测其抗肿瘤活性,优先选择具有高活性预测值的化合物进行实验验证。

2. 药物生产阶段

   - 药物质量控制

     - 原理:利用人工智能技术,特别是深度学习中的图像识别技术,对药物生产过程中的产品质量进行监测。例如,通过对药物片剂的外观图像进行分析,神经网络可以检测片剂的形状、颜色、表面缺陷等质量指标。

     - 举例:在制药生产线中安装摄像头,获取药物胶囊的图像数据,然后使用基于CNN的图像识别系统对这些图像进行实时分析。如果胶囊的颜色、形状不符合标准或者存在破损等情况,系统可以及时发出警报,实现自动化的质量控制。

   - 生产过程优化

     - 原理:采用强化学习算法来优化药物生产过程中的工艺参数。强化学习中的智能体(agent)可以根据生产过程中的状态(如温度、压力、反应时间等)采取行动(调整工艺参数),并根据奖励信号(如产品质量指标、生产效率等)来学习最优的策略。

     - 举例:在药物合成反应中,智能体可以根据反应釜内的温度、压力和反应物浓度等状态信息,动态调整反应的温度、搅拌速度等参数。通过不断尝试和学习,找到使药物产率最高、质量最好的最优工艺参数组合。

3. 临床药学阶段

   - 药物治疗方案个性化

     - 原理:结合患者的个体特征数据(如基因信息、生理指标、疾病史等),利用机器学习算法构建个性化的药物治疗模型。这些模型可以预测患者对不同药物的反应,为临床医生制定个性化的治疗方案提供依据。

     - 举例:对于患有心血管疾病的患者,收集其基因数据、年龄、性别、血压、血脂等信息,利用支持向量机等机器学习模型预测患者对不同降压药、降脂药的疗效和不良反应。根据模型预测结果,医生可以为患者选择最适合的药物和剂量,提高治疗的精准性。

   - 药物不良反应监测

     - 原理:利用自然语言处理(NLP)技术对电子病历、药品不良反应报告等文本数据进行挖掘。NLP算法可以提取文本中的药物不良反应信息,分析不良反应与药物、患者特征之间的关系。

     - 举例:通过对大量的电子病历进行NLP分析,识别出患者在使用某种药物后出现的不良反应症状描述。结合患者的其他信息,如年龄、性别、同时使用的其他药物等,利用机器学习模型可以分析出哪些因素会增加药物不良反应的发生风险,从而提前采取预防措施。

04分享一些人工智能在药学计算中应用的最新研究成果

以下是人工智能在药学信息学中的一些最新研究成果:

- 药物研发方面:

    - 华为云盘古药物分子大模型:盘古药物分子大模型全新升级,增加了靶点口袋发现、分子对接等十大AI制药核心场景。利用海量数据通过自监督学习减少标注数据需求,将药物研发效率提升33%,优化后的分子结合能提升40%以上,实现药物早研阶段的全流程加速,有望摆脱“双十定律”的束缚,并且华为云盘古辅助制药平台可以提供靶点发现、苗头化合物和先导化合物发现等全流程的一站式支持,提升药物设计效率.

    - 剂泰医药的开创性算法与模型:剂泰医药自主研发了可电离脂质生成和设计、LNP纳米材料设计和模拟的开创性人工智能和计算模拟算法,还建立了世界首个MetisLipidLM脂质语言模型和PhatGPT脂质生成模型,成功打造百万级脂质库,并突破国际专利壁垒,结合创新性的分子模拟技术,赋能多器官靶向纳米材料的开发,实现了AI+纳米材料应用的成功落地.

- 临床应用方面:

    - 医渡科技的临床试验患者招募与数据质控:医渡科技利用大数据+大模型技术打造智能筛选系统,为肿瘤类项目平均节省88.5%人工筛查成本,非肿瘤类项目平均节省69.8%人工筛查成本,其药物临床试验加速平台已在北京大学肿瘤医院完成系统部署及推广。此外,在数字化质控场景,利用AI自动扫描技术发现临床试验数据质量问题,针对不同项目类型、科室、申办方的项目进行风险和质量控制.

    - APUS医疗大模型在儿童就医中的应用:APUS医疗大模型在河南省儿童医院围绕知识库构建、智能诊疗平台搭建、AI数字医生、智能评价体系建设等方面进行实践落地,自4月全面上线以来,为数以万计的患者提供了精准的健康咨询服务、个性化治疗推荐、智能分诊、诊中提醒等服务,有效缓解了医疗资源紧张状况,大幅度提高了就诊效率.

    - 基于大模型的认知障碍疾病数字诊疗平台:脑动极光携手首都医科大学宣武医院等机构联合研发了该平台,使用人工智能技术进行智能辅助诊断、大规模智能化推送干预等,让患者自主完成精准评估和个性化干预训练,突破了常规医生/护士一对一的服务模式,实现一对多的高效服务,AI判读准确率达到90%以上,还能基于近千万人次的认知训练数据构建深度学习模型,为用户精准推荐最适合的训练任务组合.

- 药品监管方面:北京大学药学院崔一民教授团队2024年11月在《Acta Pharmaceutica Sinica B》杂志在线发表综述,从国际视角出发,聚焦于人工智能在药品监管中的研究进展和应用现状,系统梳理了全球多个监管机构发布的相关政策法规、倡议和行动计划,深入展现AI在药品监管领域中的应用现状及发展前景 ,并分析了AI在药品监管应用中面临的数据质量、技术局限性、人才短缺和缺乏标准等挑战,为全球药品监管科学发展提供了参考和借鉴.

- 药学教育方面:中南大学湘雅医院药学部李靖阳等人研究了人工智能工具ChatGPT在临床药学教育中的应用,阐述了其在辅助临床药学教育中的应用潜力和价值,如帮助教师更好地准备教学内容、为学生解答问题等,同时也分析了其存在的局限性,并提出了适当的建议,为临床药学教师提供了一个新型AI辅助工具,以提高教学效果.

- 药物质量控制方面:泰州市药品检验院与扬子江药业集团合作完成的“‘数智赋能’药品全过程管理系统”成功入选2024年药品智联共治典型案例。该系统实现了质量管理“驾驶舱”的“一键式管理,一图式看板”,形成29个可视化看板,监控60个关键指标,实现全过程数据的实时展示及分析助力质量决策与管理,推动生产管理体系向自动化、智能化方向发展,有效降低了产品市场投诉率,提高了产品完美批次率,减少了重复偏差发生率,降低了潜在质量问题所产生的质量损失.



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