1937年7月7日，日本挑起卢沟桥事变，发动全面侵华战争，相继攻占北平、上海，进而开始进攻中华民国首都南京。国民政府国防最高会议正式决定迁都重庆，国立中央研究院包括原在南京、上海的各研究所亦奉命西迁。其中动植物研究所1937年8月下旬由南京开始迁往长沙，后到南岳，又迁到广西阳朔，在阳朔停留一年，1939年初到达重庆北碚。

“该年秋后，阳朔之高田、安定两乡，仓库害虫异常猖獗，积谷损失为数颇巨。该所闻讯后，即会同阳朔县政府前往调查，发现重要害虫如麦蛾、米象、长蠹甲虫、角胸谷盗、大谷盗、锯谷盗、谷蛀八种。两处谷仓又极简陋，害虫既易侵入，又无法熏蒸。该所按仓库之方位与建筑，提出防治措施以及日常之处理和温度及干湿度之调节等方法，通知县政府转达各方，促进注意。”——这段文字引自《国立中央研究院动植物研究所工作近况》，刊于《科学》1940,24（3）：229-231。“该年”指1938年，“该所”指中央研究院动植物研究所。

“在阳朔的短暂停留中，伍献文完成了《漓江的鱼类》一文，其中描述了发现于漓江的十一个鱼类新种。”——这段文字引自《怀念伍献文所长》，刊于《水生生物学报》1985,9（3）：195-202。