导读

做完通路分析，拿到几十条富集通路后，我们经常会寻找与“某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路，与免疫相关的通路，与代谢相关的通路等。单纯从名字来看，面对几十甚至上百个英文通路名，一时半会分不清。通过利用KEGG官网的pathway二级分类对富集结果进行汇总，可以帮助我们快速找到感兴趣的通路，例如癌症相关通路，免疫相关通路等。

汇总原理

KEGG官网页面上给出了所有pathway的名字及其隶属关系，分成三个级别。

一级分类：共7个，分别是Metabolism（代谢）、Genetic Information Processing（遗传信息处理）、Environmental Information Processing（环境信息处理）、Cellular Processes（细胞过程）、Organismal Systems（有机系统）、Human Diseases（人类疾病）和Drug Development（药物开发）。

二级分类：在一级分类下面的分类，例如一级分类4. Cellular Processes下面

包括5个二级分类：

4.1 Transport and catabolism（运输与分解代谢）

4.2 Cell growth and death（细胞生长与死亡）

4.3 Cellular community – eukaryotes（细胞群落-真核）

4.4 Cellular community – prokaryotes（细胞群落-真核）

4.5Cell motility（细胞运动性）

三级分类：二级分类下面的分类，例如二级分类4.5 Cell motility下面包括5个三级分类：

Bacterial chemotaxis - 细菌趋化性

Flagellar assembly - 鞭毛组装

Motor proteins - 运动蛋白

Cytoskeleton in muscle cells - 肌细胞的细胞骨架

Regulation of actin cytoskeleton - 肌动蛋白细胞骨架的调控

我们富集分析的结果一般都是三级分类，因此使用二级分类对三级分类进行汇总，可以快速找到相关的通路。

 1，     打开绘图页面

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_pathway_enrichment_second_class_summary_bar_plot_206

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据（仅供参考）包括两列：

第1列：富集的pathway通路名字；

第2列：映射到该通路的基因列表，以/分割

3，输入检查

Ctrl+A选中示例数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴到输入框。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续往下进行。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4，参数选择

图片大小：图片宽度，图片高度

字体和位置：通路名字大小，bar上数字字体大小，二级分类字体大小等。X轴最大值，留空则后台自动设置

颜色：设置了前6类的颜色（一般不包括drug development分类）

字体：Times New Roman和Arial字体

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上呈现KEGG通路二级汇总图预览。我们提供了pdf，svg两种矢量图，png，tiff两种标量图供大家下载使用。其中矢量图可以使用acrobat illustrator进行编辑、组图等。同时提供了一级、二级、三级通路汇总表格，以及输入中与KEGG官网名字不一样的通路名列表。  

图中：左侧黑色粗体为一级分类名，共6个（去掉了Drug Development），其余为二级分类名，同一个一级分类下的所有二级分类名使用相同颜色显示。右侧条形为映射到该二级分类的基因数（汇总，去重后的基因数）。

注1：由于不同富集软件使用的KEGG库不太一样，因此，会输出未分类的通路，请根据KEGG官网页面修改后，重新出图。

注2：若输入的通路未汇总到某一级分类中，则该一级分类不在图中展示

汇总表包括7列：

Class I：一级分类名

Class II：二级分类名

Class III：三级分类名

Class III genes：三级分类基因

Class III gene count：三级分类基因数

Class II genes：二级分类基因

Class II gene count：二级分类基因数

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