2022年发表在《Nature communication》上的文章Kir2.1-mediated membrane potential promotes nutrient acquisition and inflammation through regulation of nutrient transporters fig1i使用微生信平台绘制了一张图，我们将其命名为“桑基气泡图”。从此，桑基气泡图进入了大家的眼帘，被各个公众号、平台争相模仿。今天，给大家分享下升级版的桑基气泡图。

如上图，左侧是常规气泡图；右侧是桑基气泡图。

右侧图中，左边桑基图展示了基因隶属于哪个富集通路，右边气泡图展示了富集通路的Gene.Ratio（X轴），富集条目（Y轴），基因数（气泡大小），p值（颜色）。在传统4个维度的基础上，额外添加了一个基因维度，更加清晰地展示了KEGG通路富集分析结果。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_go_pathway_sankey_dot_plot_121

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括5列：

第1列：富集term

第2列：gene ratio，或者rich factor等数值

第3列：pvalue，或者qvalue，fdr值

第4列：斜线/分割的基因

第5列：基因数

3，输入检查

Ctrl+A选中示例数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴到输入框。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续往下进行。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4，参数选择

图片大小：图片宽度，图片高度，左侧桑基图的占比，右侧气泡图的占比，例如这里桑基宽度7.0和dot宽度5.0，表示整张图被分成12份，左侧桑基图占整个图的7，右侧图占5，他们的比例是7:5。该参数可以用来微调左右的大小，以根据通路名长度等，更合理地布局。

文字大小及说明：基因和通路的字体大小，气泡图X轴的名字和颜色的颜色说明

通路颜色： 10种自定义颜色，可以自定义通路和桑基图带的颜色（两者一致），使图片更加易读，更加美观。

气泡的颜色和大小：包括高颜色和低颜色，气泡大小（最小的气泡的大小，其他气泡随数据放大）。

字体：Times New Roman和Arial字体。

图6.参数选择

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约5s后，会在页面上呈现桑基气泡图预览。我们提供了pdf，svg两种矢量图，png，tiff两种标量图供大家下载使用。其中矢量图可以使用acrobat illustrator进行编辑、组图等。

绘图技巧：左侧的桑基图颜色按照页面上所示从上到下。Term的顺序是按照示例数据中从下到上的顺序，即示例数据的最后一行是画在最上面的，因此输入数据排序后再绘图。同时，可以根据term的某些特征，使用不同色系分块展示。

如下图所示，上面4个通路使用红色色系，下面5个使用绿色色系。

 微生信助力高分文章，用户192000，谷歌学术3500篇