常规的GO或者KEGG通路富集分析结果通常以气泡图的形式展示，然而这个气泡图仅仅是一个比较的结果，如果想在一张图上展示多个比较的结果，就需要用到多组气泡图（图1，左侧）。

单细胞RNA-seq分析结果中，矩阵形式的气泡图可以很好地展示marker基因（X轴）在不同cluster（Y轴）中的表达情况（图1，右侧）。

图1.矩阵气泡图（左侧为带“缺失值”的点阵，右侧为完整的点阵）

在dotplot中，点的大小代表一个维度，点的颜色代表另一个维度。因此，凡是具有二维特征的矩阵（或者带有缺失值的矩阵），都可以使用dotplot轻松可视化。

1， 打开绘图页面

首先，使用浏览器（推荐chrome或者edge）打开dotplot绘制页面。左侧为常见作图导航，中间为数据输入框和可选参数，右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索dotplot，找到绘图页面。

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_matrix_dotplot_210

                           图2.dotplot绘图页面

2，示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

第一列是分组信息，第二列是GO term，第三列是基因数，第四列是pvalue。

图3. 输入示例

注意：

1）需要参考示例数据，在excel中将自己的数据整理成示例数据的样式，每个excel的cell都需要有数据。

2）如果你的数据是宽数据，请参考使用reshape2 R包进行在线长数据和宽数据相互转化

3，粘贴示例数据

选中示例数据（ABCD四列，1-24行），并粘贴到输入框中。

图4. 必需输入输入框

注意：不是拷贝excel文件，是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后，格式乱了没关系，只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格，中文字符等。一般这个数据比较小，不提供上传按钮。

4，修改参数，并提交

我们设置了图片尺寸、文字大小、颜色、字体等参数，基本能满足日常绘图使用。如需更高级的定制，请联系我们。

图5.颜色、字体等可调参数

注意：若颜色代表p值，因为我们希望p越小，颜色越深，所以这里将低颜色和中间颜色都设置为红色，高颜色设置为白色。

5，提交出图

粘贴好输入数据，调整好参数（或者全部默认）后，点击提交按钮，5秒钟后，会在页面右侧出现预览图。我们提供了4种格式图片供下载，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（600 dpi tiff和300 dpi png）。

图6.预览与下载

图中X轴代表不同处理；Y轴代表富集的GO terms；点的大小代表富集的基因数，点越大表示基因数越多；点的颜色表示富集的pvalue，颜色越深（越红）表示p值越小。

没有预览就没有出图，这时请参考示例数据，检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，请参考用inkscape编辑svg矢量图

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