Cytoscape是我们日常数据分析中最常用的网络图绘制神器。今天小编给大家推荐一款2D转3D插件 -- cy3d。

                         图1. 3D网络图

Cy3d安装

Cytoscape插件的安装非常简单。打开Cytoscape，然后在主菜单栏选择App->App Manager，然后在弹出的窗口中搜索cy3d，选中后安装即可。

图2. Cy3D插件安装

当中间的Cy3D后边出现（Installed）后，即安装成功。

简单使用

1， edge示例数据

首先我们从头创建一个网络。打开excel，在excel中输入如图3的数据。也支持txt文件。

图3. edge示例数据

2， 导入edge文件并生成图

点击第4个按钮（红色框线），浏览并导入创建的edge文件。

                          图4. 导入edge文件按钮

图5. 浏览并选择edge文件

然后选择Cy3D renderer，并设置node1为source节点，node2默认为target节点，然后点击确定即可生成3D网络图。

                       图6. 设置source和target

                              图7. 3D网络图

3， 设置属性，并美化

网络图最重要的步骤就是美化。细节的美化对于网络图来格外关键，因为默认导进来的图一般是不能直接在文章中使用的。Cytoscape提供了众多参数对网络进行微调。

                        图8. 属性调整参数

Node tab所属为节点属性，用来控制节点相关的参数，包括节点颜色(color)、节点大小（width、height）、label颜色文字等。其中左侧红色方框所示为全局参数，用来控制所有节点。中间绿色方框所示为mapping属性，即根据某一特征，例如导入的node节点的分类属性，进行批量设置。右侧蓝色方框所示为局部参数，即选中某些节点后，单独设置这些节点的参数。

图9. Edge属性

Edge tab所属为边属性，用来控制节点连线的参数，包括线型（实线、虚线等），线宽等

同时，我们也可以设置不同的布局方式。在Layout主菜单中，有如下几种布局供选择：3D Force Directed (BioLayout)、3D Spherical、3D Grid、3D Box。

4， 导出图片

                         图10. 导出图片，png或者pdf

图11. 3D网络图

注意：这里虽然导出pdf，然而似乎不是真正的矢量图，看来3D的还是不如2D的方便。

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