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长久以来GSEA官网都是“稳如磐石”,Human基因集占据着统治地位,而其他物种一直没有上线。研究其他物种(例如小 鼠)的研究者不得不自己构建基因集,然而,没有官方认证的基因集往往缺乏“底气”。
9月7日,我们终于迎来了GSEA网站的一次大更新!跟着小编一起来看看吧!
图1. GSEA 2022年9月7日更新
Mouse MSigDB第一版(v2022.1Mm)发布,收集了约1.6w个基因集,可以直接用于小鼠数据集的GSEA分析,并且出了新版的human MSigDB(v2022.1.Hs)。
这里我们重点来看看Mouse基因集。
图2. Mouse基因集
收集以下Mouse基因集。
MH:mouse-ortholog hallmark gene sets (50个)
MSigDB Hallmarks基因集同源比对到小鼠上获得的基因集
图3. Hallmark基因集
M1:positional gene sets (341个)
小鼠染色体带相关的基因集,例如来自1号染色体A1的基因集chr1A1
M2:curated gene sets (2619个)
精选基因集,包括:
1)化学和遗传干扰(chemical and genetic perturbations)基因集932个
2)经典通路(canonical pathways)基因集1687个,包括:BioCarta 252个,Reactome 1249个,WikiPathway 186个。然而,很遗憾,没有来自KEGG pathway数据库的基因集。
M3:regulatory target gene sets基因集2042个
调控靶基因基因集,包括:
1)miRDB数据库的1769个靶基因基因集
2)GTRD数据库的273个靶基因基因集
M5:ontology gene sets (10652个)
本体论基因集,包括:
1) 来自GO数据库的10560个基因集,其中BP 7775个,CC 1039个,MF 1746个
2) 来自肿瘤表型本体论(tumor phenotype ontology)的92个基因集
M8:cell type signature gene sets(214个)
单细胞测序鉴定的细胞类型基因集。
网站提供了每个基因集的说明和下载链接,并可以打包下载。
提醒:由于GSEA官网没有提供KEGG pathway的基因集,我们根据KEGG网站,整理了mouse的KEGG pathway基因集供大家使用
使用说明:ClusterProfiler在线基因集富集分析(GSEA),支持自定义基因集、任意物种
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