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网络图简介
网络图是由节点(node)和边(edge)构成的,节点代表生物学实体(例如基因,蛋白质等),边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系,例如靶向关系,结合关系等。
在简单网络图的基础上,使用不同的形状、颜色等区分不同类型的生物学实体,使用不同粗细,线型等区分强弱关系,甚至使用不同的布局方式,都可以使得网络图变得丰富且更具生物学意义。因此网络图越来越受到高分文章的青睐。
Cytoscape是最常用的网络图绘制软件,功能十分强大。然而如果想要绘制一张精美的网络图,需要耗费大量的时间对细节进行调整,包括节点、连线、布局等等,出一张可以用的图往往需要十几分钟。为了节省宝贵的时间和精力,微生信参考诸多文章,按照文章的样式给大家预制了一些网络图,将绘图时间压缩到原来的几十分之一,用户可以在数秒内完成网络图的绘制。今天,我们先以最简单的靶基因网络图为例,来看看预制图的强大之处。
miRNA-靶基因网络图
miRNA是一类长约22nt的非编码小RNA,它们可以调节其他基因的表达。因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅图形象且美观,当然也可以用来绘制TF-mRNA,RNA-RBP等几个vs十几个的调控关系网络。
1, 打开绘图页面
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开miRNA-靶基因绘制页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索network,找到绘图页面。
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_miRNA_target_network_plot_197
图1.可视化页面
2,示例数据
点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。
示例数据(仅供参考)包括2列:
第1列是miRNA名字
第2列是基因名字
注意:需要参考示例数据,将自己的数据在excel中整理成示例数据的样式。
图2. 输入数据示例
3,粘贴示例数据
直接复制示例数据中的AB两列数据,然后粘贴到输入框。
注意:不是拷贝excel文件,是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后,格式乱了没关系,只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格,中文字符等。
图3. 必需输入
4,修改参数,并提交
我们设置了图片尺寸,节点颜色,节点形状,节点尺寸,连线类型,线宽等参数,基本能满足日常绘图使用。如需更高级的定制,请联系我们。
图4. 节点、线等可调参数
5,提交出图
粘贴好输入数据,调整好参数(或者全部默认)后,点击提交按钮,约5秒后,会在页面右侧出现预览图。我们提供了4种图片格式供下载使用,两种矢量图(pdf,svg)和两种标量图(600 dpi tiff和300 dpi png)。
图5.预览与下载
点评:这里内圈节点数5个以下,外圈20个以下时,网络图才比较美观,因此需要对原始数据进行预处理。当然,做网络图还是推荐cytoscape,可调元素更丰富,布局方式也更多。
没有预览就是没有出图,这时请参考示例数据,检查自己输入数据的格式。
遇到文字截断,需要修改字体、调整字体大小等,使用inkscape软件进行操作。
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