基因本体论（Gene Ontology，GO）计划（http://www.geneontology.org）为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。它被分成三部分：分子功能（Molecular Function，MF）、生物过程（Biological Process，BP）和细胞组分（Cell Component，CC）。

GO功能富集分析结果，一般都会包含至少4列：GO term，基因数，P值和类别。今天给大家带来一张非常直观，颜值也颇高的GO富集结果可视化图。

1， 打开绘图页面

首先，使用浏览器（推荐chrome或者edge）打开GO BP、CC、MF三合一双侧条形图绘制页面，左侧为常见作图导航，中间为数据输入框和可选参数，右侧为描述和结果示例。

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_left_right_bar_plot_191

图1.可视化页面

2，示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

示例数据（仅供参考）包括4列：

第1列是GO term名字；

第2列是分类（分类名必需是Biological process、Cellular component、Molecular function，且按照顺序排列）；

第3列是Pvalue（或者FDR、qvalue等，程序会默认自动将其转化成-log10值，因此p值不能为0），每个类别之内的条目可以按照P值从小到大，或者从大到小排列；

第4列是基因数； 

注意：你需要参考示例数据，将自己的富集结果在excel中整理成示例数据的样式。

图2. 输入数据示例

3，粘贴示例数据

直接复制示例数据中的ABCD 4列数据，然后粘贴到输入框。

注意：不是拷贝excel文件，是拷贝excel文件里边的数据哦。另外粘贴到输入框后，格式乱了没关系，只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格，中文字符等。

图3. 必需输入

4，修改参数，并提交

我们设置了图片尺寸，颜色等参数，基本能满足日常绘图使用。如需更高级的定制，请联系我们。 

部分参数详解：

颜色：这里我们还是使用Nature Publishing Group的配色。

左侧最大值：用来控制左侧的柱子距离左边界的距离，请使用可整除的整数

右侧最大值：用来控制右侧的柱子距离右边界的距离，请使用可整除的整数

这两个值需要与图片长宽配合着使用，以保证零点位置不是0.0。

图4. 颜色等可调参数

5，提交出图

输入数据粘贴好，参数调整好后，点击提交按钮，约3秒后，在页面右侧会出现结果预览图。我们提供了4种图片格式供下载使用，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（600 dpi tiff和300 dpi png）。

图左侧表示GO term的统计p值（-log10转化），p值越小，条形越长；并且按照颜色区分三部分；

图右侧表示富集的基因数，基因数越多，条形越长。 

点评：与气泡图相比，该图的优点在于一眼就能分辨出那个term的基因数最多，P值最小。因为人们对于颜色的分辨程度要低于对尺寸的分辨程度，特别是在颜色差别不大的情况下。

图5.预览与下载

没有预览就是没有出图，这时请参考示例数据，检查输入数据格式。

遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，使用inkscape软件进行操作。