小编写过有关基因名的坑的推文，总结了有关基因名的十大坑，见：基因名坑你没商量 -- 避免踩坑，请查收！。今天为大家推荐一款很不错的基因名转化在线服务器 – GeneToList

随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名，例如：biomaRt，MyGene （http://mygene.info）和org.Hs.eg.db；DAVID在线服务器（https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp），g:Convert（https://biit.cs.ut.ee/gprofiler）以及bioDBnet（https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php）。

然而，遇见别名，或者是废弃的IDs时就不行了。因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器

GeneToList（https://www.genetolist.com/）。可以批量转换，并且能够处理别名，废弃名字等情况。

GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息，支持的数据库包括：NCBI Gene symbol，NCBI gene IDs（Entrez IDs），OMIM IDs，HGNC IDs，Ensembl IDs等。

1， 基因别名

作者使用了10个基因名进行测试。

图1. 建议功能

10个基因名中4个基因名完美匹配（绿色），5个是suggestion accepted，1个是自动接收建议，均可以匹配到响应基因。

2， ID转换

由于GeneToList具有suggestion功能，因此比其他转换工具的转换准确性更高。

图2. 不同工具比较

3， 测试

这里，我们以Ensembl数据库ID为例。

1）打开GeneToList网站。

图3. GeneToList网站

2）选择物种

默认列了3个物种：人、小鼠、大鼠。可根据自己的物种情况点击“Other (select from >34,000 taxa!”，然后在下面输入框中键入物种名或者taxaid进行搜索（带有提示）。

图4. 选择物种

4， 粘贴待转换IDs

将待转换的基因IDs粘贴到

图5. 粘贴待转换基因id

5， 提交并下载结果

点击“Start New List”后会在右侧出现转换结果，点击“Save as CSV”即可下载结果。与其他数据库相比，转换结果包括非常多的列（主要是来自NCBI geneinfo数据库），例如常见的GeneID，Description，基因类型等均有列出，极大地方便了我们对基因的研究。

图6. 转换结果

优点：

1， 物种众多，超过3.4w种

2， 带基因名建议功能，可手工确定

3， 输出信息列较多

4， 转换效率高，准确

缺点：

1， ID类型较少，例如不支持affy探针

2， 没有外部数据库的信息，例如GO数据库，KEGG数据库等。

然而，该网站是目前发现的比较好的在线基因名转换网站，微生信强烈推荐给大家使用！

地址：https://www.genetolist.com/