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小编写过有关基因名的坑的推文,总结了有关基因名的十大坑,见:基因名坑你没商量 -- 避免踩坑,请查收!。今天为大家推荐一款很不错的基因名转化在线服务器 – GeneToList
随着高通量组学技术的日益流行,处理它们所产生的数据集变得越来越困难,因此需要借助于编程语言或者在线服务器,将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名,例如:biomaRt,MyGene (http://mygene.info)和org.Hs.eg.db;DAVID在线服务器(https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp),g:Convert(https://biit.cs.ut.ee/gprofiler)以及bioDBnet(https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php)。
然而,遇见别名,或者是废弃的IDs时就不行了。因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器
GeneToList(https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。
GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(Entrez IDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
1, 基因别名
作者使用了10个基因名进行测试。
图1. 建议功能
10个基因名中4个基因名完美匹配(绿色),5个是suggestion accepted,1个是自动接收建议,均可以匹配到响应基因。
2, ID转换
由于GeneToList具有suggestion功能,因此比其他转换工具的转换准确性更高。
图2. 不同工具比较
3, 测试
这里,我们以Ensembl数据库ID为例。
1)打开GeneToList网站。
图3. GeneToList网站
2)选择物种
默认列了3个物种:人、小鼠、大鼠。可根据自己的物种情况点击“Other (select from >34,000 taxa!”,然后在下面输入框中键入物种名或者taxaid进行搜索(带有提示)。
图4. 选择物种
4, 粘贴待转换IDs
将待转换的基因IDs粘贴到
图5. 粘贴待转换基因id
5, 提交并下载结果
点击“Start New List”后会在右侧出现转换结果,点击“Save as CSV”即可下载结果。与其他数据库相比,转换结果包括非常多的列(主要是来自NCBI geneinfo数据库),例如常见的GeneID,Description,基因类型等均有列出,极大地方便了我们对基因的研究。
图6. 转换结果
优点:
1, 物种众多,超过3.4w种
2, 带基因名建议功能,可手工确定
3, 输出信息列较多
4, 转换效率高,准确
缺点:
1, ID类型较少,例如不支持affy探针
2, 没有外部数据库的信息,例如GO数据库,KEGG数据库等。
然而,该网站是目前发现的比较好的在线基因名转换网站,微生信强烈推荐给大家使用!
地址:https://www.genetolist.com/
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