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Windows平台有众多编辑器,我们最熟悉的就是windows自带的文本编辑器“记事本”。然后是各种其他编辑器,例如notepad,EditPlus等。综合多年经验,推荐一款windows平台最强文本编辑器 – Emeditor,没有之一,不服来辩!
图1. EmEditor界面
图2. 15G文件
我就问你一句:高通量测序fastq文件15G,请问什么文本编辑器能打开?
我用了众多文本编辑器,唯独EmEditor!动图就不上了,直接看最终截图。
我笔记本使用EmEditor打开这个文件,3s钟即可看到前N行,1.75亿行全部加载进来也就用了不到1分钟。
图3. 15G大小文件打开视图
太强大了!推荐给你!因为我们平常遇到最多的就是各种文本,fastq,gtf,bed统统是文本文件。
常用功能:
1, 去重
例如基因symbol去重,一键完成
2, 排序
按照字母顺序,按照文本长度排序等
3, 替换
例如,我们要将里边的逗号拆分成制表符分割。
Ctrl+H呼出替换页面
1),这里带有空格,先替换空格为空:查找处打一个空格键,替换为不填。
2),查找填“,”,替换为填“\t”,选择使用转义序列(这里\t就是制表符),直接点击替换全部,就替换好了。
3),要把基因拆成一行一行的,就在替换为处填“\n” ,直接点击替换全部,就替换好了。
非常适合处理比如GO和Pathway富集结果中的基因列。
4, 提取
提取包含某字符串的行
当然,也可以用来写程序!众多功能,大家可以试试看这款提高日常工作效率的神器!好用的话点个赞!
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