miRNA靶基因预测是研究miRNA经常要进行的操作，经典的miRNA靶基因预测软件有miRanda，targetscan等。targetscan有在线版本，而miRanda一直没有在线版本，并且网站（http://www.microRNA.org）还经常挂，为此，我们微生信平台推出了在线版的miRanda。

地址：http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120tp://www.http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120ocal_miranda_miRNA_target_prediction_120

使用步骤：

1，打开miRanda在线版链接

http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miRNA_target_prediction_120ocal_miranda_miRNA_target_prediction_120

中间为输入框，右侧为简介

2，找到感兴趣的miRNA，并粘贴fasta格式的miRNA序列

将fasta格式的miRNA序列粘贴到miRNA输入框。

可以是一条序列或者多条序列。必需是fasta格式，即：每条记录由3部分组成：大于号(>)，名字，序列。

如何获得miRNA序列？

一般我们从文章中获得的都是miRNA的名字（成熟体），我们需要登录到miRbase数据库网站（http://www.mirbase.org）进行查询，然后获得其序列（注意：例子中T换成了U）

3，找到待检索的mRNA，获得其 3'UTR序列，并粘贴fasta格式序列

通常，我们可以从UCSC网站获得3'UTR序列。

获得步骤可以参考：https://www.researchgate.net/post/How-can-find-out-the-UTR-of-the-gene （下次再讲）

当然，这里也可以是lncRNA序列或者circRNA序列等任何序列。

4，选择参数并提交

miRanda使用两步法进行预测，第一步进行动态规划比对，第二步进行热力学稳定性评估。这里设置了score和energy两个参数，分别是第一步和第二步的参数。

5，下载并查看结果

数据少的话，提交后几秒钟即可出结果，结果包括4个文件：

miRNA.fa为输入的miRNA序列
utr.fa为输入的mRNA序列
out.txt为miranda输出结果，包含比对
xls为整理的miRNA-mRNA对结果，注意：这里默认全部输出，最后一列为结合的位点，一个UTR上可能有多个结合位点，Tol score和Tol energy为多个位点的和结果

miranda是为数不多直接输入序列进行预测的软件，因此被广泛使用，微生信以miRanda v3.3a版为后端，搭建了简单的在线miRNA预测页面，不用再东奔西走找软件了。

应用包括：piRNA靶基因，miRNA靶基因，circRNA-miRNA吸附预测，ceRNA等

注意：miRNA靶基因预测最好使用多个软件的交集作为最终结果。