1. 微小卫星：上海微小卫星创新研究院，基于上海微小卫星工程中心组建；

　　2. 信息工程：信息工程创新研究院，基于信息工程研究所，分别整合网络中心、半导体所、计算所、声学所、高能物理研究所部分实验室；

　　3. 空间科学：空间科学与应用研究中心牵头，和国家天文台、空间应用工程与技术中心组成空间科学创新研究院；

　　4. 海洋信息技术：声学所牵头整合海洋所、南海海洋所和三亚深海所，组建中科院海洋信息创新研究院；

　　5. 药物：药物创新研究院，基于上海药物研究所，涉及上海有机化学研究所；

　　6. 政策与管理所、文献情报中心、自然科学史所以及其它研究所中的软科学研究单元，组建中科院发展咨询研究院；

　　7. 机器人与智能制造创新研究院，中国科学院与辽宁省共建，以沈阳自动化研究所为依托,将联合中科院自动化研究所、深圳先进技术研究院等相关领域科研院所，以及新松公司、东北大学、大连理工大学等高技术企业、重点高校共同开展研发。