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所见非所得

已有 4018 次阅读 2013-6-1 10:56 |个人分类:科研笔记|系统分类:论文交流| 化学键, AFM, 原子力


昨晚到今早在新语丝论坛上花了很多功夫去讨论wierd.com刚报导的AFM检测有机分子结构,最后读了Science上的原文,才知道检测的分子是吸附在银(100)表面。如此说来,其实他们检测的不是游离分子,而是吸附分子。而银的电子可以部分填入这些分子的LUMO,从而改变整个分子的电子云分布。于是图像里面的键长甚至键角,并不反映游离分子的。检测必然干扰这些细节。


游离分子的精确结构(键长键角)只能靠量子化学计算得到。而吸附分子的结构,按我了解的情况,现在的量化软件似乎还不能准确计算。


有兴趣的能人可以把游离态的结构计算一下,和他们的图像进行对比。右下的分子本来应该是芳香性很强的,最外一周可以是一个十三个双键的共轭芳香结构,但是这个结构很可能被吸附作用破坏了。





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