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最近科研分析用到一个python 程序, CPAT (coding potential assessment tool), 需要在服务器上运行。由于该程序基于python 2.7(且仅基于),而服务器默认安装的python 为2.6。 作为一个非root用户,几经周折,终于搞定。步骤如下:
1. 自行安装python 版本2.7.0:
1) 下载python-2.7.0.tar.gz
2) tar 解压文件
3) cd 进入解压后文件: cd Python-2.7
4) >./configure 生成makefile 文件
5) >make 生成可执行python程序;(这里无法执行make install, 把python加入默认环境变量)
6) 为以示区别, mv ./python ./python2.7;
7) 修改 ~/.bash_profile 文件,把python加入当前用户环境变量:
export PATH="$PATH:/home/XX/Software/Python-2.7/";
8) 之后执行 python2.7即可启动该版本python.
2. 安装CPAT所需要的python 模块: numpy, cython;
安装python包有多种方法:http://www.douban.com/group/topic/40892505/; 这里采用easy_install;
1) 首先在用户目录下安装easy_install (https://pypi.python.org/pypi/setuptools ):
wget https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -O - | python2.7 - --user
之后即可在~/.local/bin 中生成easy_install, 可直接运行;
为了使之后安装的模块在自己目录下:
a) 创建文件夹(若已存在,则不需创建):mkdir -p ~/.local/lib/python2.7/site-packages/
b) 加入python环境变量(~/.bash_profile中添加):
PYTHONPATH=$HOME/.local/lib/python2.7/site-packages;
export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH;
2)安装numpy模块:
easy_install --prefix=~/.local numpy
即可自动下载相应版本numpy至site-packages,并安装;
3) 安装cython模块:
easy_install --prefix=~/.local cython
自动下载安装出现问题(cython-0.22); 选择其他版本安装(直接提供url链接):
easy_install --prefix=~/.local cython https://pypi.python.org/packages/source/C/Cython/Cython-0.20.tar.gz#md5=104f3bcdeb4969ba426a37376b4c0e7f
4)下载安装CPAT1.2.1包;
由于是非常规python包,只能通过python setup.py安装:
python2.7 setup.py install --prefix=~/.local
5)大功告成。即可运行./CAPT/bin中的三个python文件,进行后续分析:
python2.7 cpat -help
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GMT+8, 2024-9-14 16:19
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