有机农业强调“与自然秩序相和谐”、“天人合一，物土不二”，强调适应自然而不干预自然；认为土壤是有生命的，肥料的作用首先是培肥土壤；主张少耕、免耕，应该少动土，减少对土壤体系的破坏，生产要依靠自然的土壤。有机农业注重轮作、复种、间作、套种和有机肥的施用，主张利用生态系统的良性循环和生物自身的力量防治病虫害。有机农业追求生态协调、资源有效利用和营养充分。

中国传统哲学思想重视“天人关系”，强调人与自然相和谐。《吕氏春秋·审时》说：“夫稼，生之者，地也；养之者，天也；为之者，人也”。其中，天和地是大自然的代表，亦即环境，人和稼生于天地之间，所以，天人关系亦即人与自然环境的关系；而“稼”同时具有自然的因素和人的因素，人按照需要与可能来选择和种植作物。农作物的生长离不开自然环境，更离不开作为农业生产主导者的人，故《管子·八观》说；“谷非地不生，地非民不动，民非用力毋以致财。天下之所生，生于用力”。传统农业尊重自然界的客观规律，注重顺应自然，强调因时、因地、因物制宜，同时还重视发挥人的作用，讲求“精耕细作”，认为“用养结合，地力常新”，强调“农牧结合多种经营”。而“精耕细作”本质上就是充分发挥人的主观能动性的一种巧妙农艺。

中国传统农业理念为现代有机农业发展奠定了思想基础。