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cif2code程序解决结构对称性问题

已有 7314 次阅读 2017-6-26 19:30 |个人分类:软件学习|系统分类:科研笔记| symmetry, cif2cell

cif2cell code:

Generating cells for electronic structure calculations from CIF files


安装:

1. tar zxvf cif2cell-1.2.10.tar.gz

2. cd  cif2cell-1.2.10

3. tar zxvf PyCifRW-3.3.tar.gz

4. sudo python setup.py install

5. cd ../

6.  python setup.py install --prefix=./


下载:https://sourceforge.net/p/cif2cell/code/HEAD/tarball

cif2cell-1.2.10.tar.gz


P. S.

pwscf对初始结构很敏感,而MS和vasp不太敏感。因此,不同的程序对该结构判断得到

的对称性可能不一致!

两种方法解决pwscf的对称性判断问题:

法一:

1. 官网下载cif文件(例如ICSD,AFLOW),拖进MS软件打开。

2. 找到对称性,转换为primitive cell模式,另存为a.cif文件。

3.将上面*cif文件拖进vesta软件,export得到*vesta格式,重命名POSCAR文件。

注意:该法解决了正交体系的对称性问题。


法二:

1. 官网下载cif文件(例如ICSD,AFLOW),拖进MS软件打开。

2. 找到对称性,确定是conventional模式,另存为b.cif文件。

3. 将上述b.cif文件处理得到pwscf.input文件,需要用cif2cell程序。

4. ubuntu系统下,运行cif2cell -f b.cif -p pwscf  

5. 得到的input文件就是primitive cell的输入文件,可用xcrysden查看。

6. 运行pwscf程序,可以看到所有的对称操作与ms程序一致!

注意:该方法解决了单斜材料的对称性问题。






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