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剑桥大学团簇库,可以直接获得团簇的原子坐标。
http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
比如,我想得到包含147个Au原子的正二十面体。
复制所有坐标,新建一个Excel表格,
将坐标粘贴到B3单元格:点右键-->选择性粘贴-->无格式文本。然后在A1单元格输入原子数,如此例中的147;在A3单元格输入元素符号,如此例中的Au,通过向下拖动A3单元格快速复制Au;在A2单元格随便写点东西方便回顾,可以不写;
文件-->另存为,另存为.txt格式的文本文件
大部分计算软件都可以读取.xyz格式的文件,比如Materials Studio
点击右键,改变一下显示方式
Build一下的默认值就有了:Build-->Bonds
如果出现跨原子的长程键,显然就不合适了,就稍微调调两个滑块
最后,点击clean按钮,使结构合理一些(因为我们之前是套用的Al原子坐标)
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GMT+8, 2024-10-10 12:00
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