据矿物共生关系及矿石组构将马家窑金矿床成矿作用分为表生成矿期及内生成矿期，

• Ⅰ黄铁矿-石英阶段；

• Ⅱ石英-黄铁矿（-菱铁矿）阶段；

• Ⅲ 金-石英-多金属硫化物阶段；

• Ⅳ 石英-碳酸盐阶段。

其中Ⅰ阶段矿化较弱，但形成了强烈的钾长石化；

Ⅱ、Ⅲ阶段为金的主要富集成矿阶段，且以第Ⅲ阶段金矿化最强。

在第Ⅱ、Ⅲ阶段矿化叠加部位常形成金矿化的局部富集，并构成工业矿体。

黄铁矿-石英（Ⅰ）阶段：石英呈乳白色，黄铁矿自形，颗粒粗大，普遍发育压碎结构，此阶段只有少量的金沉淀。

石英-黄铁矿（-菱铁矿）（Ⅱ）阶段：石英呈灰白色，细粒黄铁矿自形完好，此阶段黄铁矿较少，偶尔伴有菱铁矿脉产出，含有少量的银金矿。

金-石英-多金属硫化物（Ⅲ）阶段：石英呈灰色、灰白色，以黄铁矿，方铅矿、闪锌矿、黄铜矿等金属硫化物为主，该阶段银金矿大量产出，是金矿形成的主要阶段。

石英-碳酸盐（Ⅳ）阶段：石英呈呈乳白色，除方解石、菱铁矿、铁白云石外，含有少量的金属硫化物，该阶段代表金矿化作用结束。