最近安装Bedtools，总是出现如下错误：

- Building main bedtools binary.

   obj/gzstream.o: In function gzstreambuf::open(char const*, int):

   gzstream.C:(.text+0x2a5): undefined reference to gzopen64'

   collect2: ld returned 1 exit status

   make: *** [all] Error 1

于是，开始在网上搜索解决方法。

因为这一错误经常出现，该问题也列到了Bedtools的FAQ文档中，其说明的解决方法是重新安装libz和libz-devel。也就是Debian/Ubuntu 系统执行命令

apt-get install zlib    apt-get install zlib1g-dev

或者Fedora/Centos系统执行命令

yum install zlib    yum install zlib1g-dev

但是，当我按此方法重新安装后并没有解决问题。

接着就是各种论坛上给出的解放方案，一般是说在Makefile文件中修改LIBS变量，以指定libz的路径

但是当我修改了此变量为（系统中libz.so.1在/lib64文件夹下）

export LIBS = /lib64/libz.so.1.2.3

时，问题还是没有解决。

然后终于看到一个帖子先利用objdump查看.so文件的函数地址，先安装最新版本的libz，再修改符号链接到新版本的libz，问题才得以解决。

查询.so文件中的函数地址的命令：

objdump -T /lib64/libz.so.1.2.3 | grep gzopen64

搜索系统中库文件的命令

locate libz.so

修改符号链接的命令：

sudo ln -sf /usr/local/lib/libz.so.1.2.8 /lib64/libz.so

总结：前面官方文档和一些论坛虽然给出了解决方法，但怎奈不甚理解这些方法的原理，而一些系统中就总是不能解决。而后来博客中出的解决方案有一个明确解决问题的思路，先确定gzopen64是否存在，再更新链接，使该函数可被调用。

参考资料：

https://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/faq.html

http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-9708.html

http://xqxia.blog.sohu.com/260954395.html