seqtk是Heng Li开发的一个处理序列的程序，非常方便快速。这个工具之前是整合在SAMtools源代码包中的，但是在2013年3月19日SAMtools更新到0.1.19版本后，这个工具被移除了，很奇怪。不过，这个seqtk工具是可以单独下载安装的。

git clone https://github.com/lh3/seqtk.git

下面是seqtk的用法

Usage:   seqtk <command> <arguments>

Command: comp      get the nucleotide composite of FASTA/Q

               hety      regional heterozygosity

               fq2fa     convert FASTQ to FASTA

               subseq    extract subsequences from FASTA/Q

               maskseq   mask sequences

               mutfa     point mutate FASTA at specified positions

               mergefa   merge two FASTA/Q files

               randbase  choose a random base from hets

               cutN      cut sequence at long N

               listhet   extract the position of each het

参考资料：

https://github.com/lh3/seqtk/

Using seqtk to trim and process reads at an insanely high speed

Biostar: How to obtain and install seqtk

http://samtools.sourceforge.net/

https://github.com/samtools/samtools

http://sourceforge.net/projects/samtools/files/