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生物信息学之期刊分析
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【前言：有意梳理目前生物信息学的期刊状况，因此整理成文，Leiting, Jun 17, 2012】
生物信息学领域的学术期刊，目前有 5 份名字中带有 Bioinformatics（筛选自SCI期刊目录）。这 5 份期刊影响因子最高的是 Briefings in Bioinformatics，为9.283，但是年发文量太少，只有 14 篇，有虚高的嫌疑。生物信息学领域的主力期刊是 Bioinformatics 和 BMC Bioinformatics，发文量分别为700和690，而其它三份期刊发文总和仅 87 。前者影响因子较高，为 4.877，后者为 3,786。从被引次数和 H指数 看，Bioinformatics 好于 BMC Bioinformatics。从被引次数最多的论文看，好用又免费的软件是高被引次数论文的热点。
1 Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 17, 2012)
Bioinformatics
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/
（参考2011年数据）影响因子是 4.877，是生物信息学领域的 Top journal。总被引次数为 40,659。5年影响因子 6.325。年发文量为 700。
找到的结果数 : 5154
被引频次总计 : 61313
去除自引的被引频次总计 : 54252
施引文献 : 40821
去除自引的施引文献 : 37680
每项平均引用次数 : 11.90
h-index : 87
每年出版的文献数
每年的引文数
被引次数最多的论文前五名是
2004，Kumar S， Tamura K 和 Nei M 的 MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment，总被引次数为 8501。
2008，Kumar Sudhir， Nei Masatoshi 和 Dudley Joel; 等的 MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences，总被引次数为 943。
2008，Katoh Kazutaka 和 Toh Hiroyuki 的 Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program，总被引次数为 425。
2004，Bairoch A， Boeckmann B 和 Ferro S; 等的 Swiss-Prot: Juggling between evolution and stability，总被引次数为 148。
2005，Cohen AM 和 Hersh WR 的 A survey of current work in biomedical text mining，总被引次数为 145。
4 Evolutionary Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 18, 2012)
找到的结果数: 157
被引频次总计 : 5592
去除自引的被引频次总计 : 5568
施引文献 : 5562
去除自引的施引文献 : 5543
每项平均引用次数 : 35.62
h-index : 13
每年出版的文献数
每年的引文数
找到的结果数 : 174
被引频次总计 : 585
去除自引的被引频次总计 : 527
施引文献 : 467
去除自引的施引文献 : 442
每项平均引用次数 : 3.36
h-index : 12
每年出版的文献数
https://blog.sciencenet.cn/blog-656335-584672.html
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生物信息学领域的学术期刊，目前有 5 份名字中带有 Bioinformatics（筛选自SCI期刊目录）。这 5 份期刊影响因子最高的是 Briefings in Bioinformatics，为9.283，但是年发文量太少，只有 14 篇，有虚高的嫌疑。生物信息学领域的主力期刊是 Bioinformatics 和 BMC Bioinformatics，发文量分别为700和690，而其它三份期刊发文总和仅 87 。前者影响因子较高，为 4.877，后者为 3,786。从被引次数和 H指数 看，Bioinformatics 好于 BMC Bioinformatics。从被引次数最多的论文看，好用又免费的软件是高被引次数论文的热点。
1 Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 17, 2012)
Bioinformatics
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/
（参考2011年数据）影响因子是 4.877，是生物信息学领域的 Top journal。总被引次数为 40,659。5年影响因子 6.325。年发文量为 700。
找到的结果数 : 7430
被引频次总计 : 252941
去除自引的被引频次总计 : 239466
施引文献 : 142190
去除自引的施引文献 : 137170
每项平均引用次数 : 34.04
h-index : 177
每年出版的文献数
每年的引文数
被引次数最多的论文前五名是
1998年，Posada D 和 Crandall KA 的 MODELTEST: testing the model of DNA substitution，总被引次数为 12,532。
2001年，Huelsenbeck JP 和 Ronquist F 的 MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees，总被引次数为 8381。
2003年，Ronquist F 和 Huelsenbeck JP 的 MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models，总被引次数为 8188。
2005年，Barrett JC， Fry B 和 Maller J 等的 Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps，总被引次数为 5136。
2007年，Larkin M. A.， Blackshields G. 和 Brown N. P. 等的 Clustal W and clustal X version 2.0，总被引次数为 4046。
2 BMC Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 17, 2012)
BMC Bioinformatics
http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/
（参考2011年数据）影响因子是 3.028，是著名的 Open Access 期刊。总被引次数为 12,653。5年影响因子 3.786。年发文量为 690。
BMC Bioinformatics
http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/
（参考2011年数据）影响因子是 3.028，是著名的 Open Access 期刊。总被引次数为 12,653。5年影响因子 3.786。年发文量为 690。
被引频次总计 : 61313
去除自引的被引频次总计 : 54252
施引文献 : 40821
去除自引的施引文献 : 37680
每项平均引用次数 : 11.90
h-index : 87
每年出版的文献数
每年的引文数
被引次数最多的论文前五名是
2003年，Tatusov RL，Fedorova ND，Jackson JD 等的 The COG database: an updated version includes eukaryotes，总被引次数为 1179。
2004年，Edgar RC 的 MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity，总被引次数 为 1179。
2002年，Cannone JJ， Subramanian S 和 Schnare MN 等的 The Comparative RNA Web (CRW) Site: an online database of comparative sequence and structure information for ribosomal, intron, and other RNAs，总被引次数为 564。
2003年，Bader GD 和 Hogue CW 的 An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction networks，总被引次数为 432。
2007年，Huson Daniel H.， Richter Daniel C. 和 Rausch Christian 等的 Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees，总被引次数为 319。
3 Briefings in Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 18, 2012)
2004年，Edgar RC 的 MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity，总被引次数 为 1179。
2002年，Cannone JJ， Subramanian S 和 Schnare MN 等的 The Comparative RNA Web (CRW) Site: an online database of comparative sequence and structure information for ribosomal, intron, and other RNAs，总被引次数为 564。
2003年，Bader GD 和 Hogue CW 的 An automated method for finding molecular complexes in large protein interaction networks，总被引次数为 432。
2007年，Huson Daniel H.， Richter Daniel C. 和 Rausch Christian 等的 Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees，总被引次数为 319。
3 Briefings in Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 18, 2012)
Briefings in Bioinformatics
（参考2011年数据）影响因子是 9.283，是生物信息学领域影响因子最高的期刊。总被引次数为2886。5年影响因子7.395。年发文量为 49。
找到的结果数 : 410
被引频次总计 : 15096
去除自引的被引频次总计 : 14869
施引文献 : 14353
去除自引的施引文献 : 14221
每项平均引用次数 : 36.82
h-index : 39
被引频次总计 : 15096
去除自引的被引频次总计 : 14869
施引文献 : 14353
去除自引的施引文献 : 14221
每项平均引用次数 : 36.82
h-index : 39
每年出版的文献数
每年的引文数
被引次数最多的论文前五名是
2004，Kumar S， Tamura K 和 Nei M 的 MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment，总被引次数为 8501。
2008，Kumar Sudhir， Nei Masatoshi 和 Dudley Joel; 等的 MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences，总被引次数为 943。
2008，Katoh Kazutaka 和 Toh Hiroyuki 的 Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program，总被引次数为 425。
2005，Cohen AM 和 Hersh WR 的 A survey of current work in biomedical text mining，总被引次数为 145。
4 Evolutionary Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 18, 2012)
Evolutionary Bioinformatics
（参考2011年数据）影响因子 2.684。总被引次数为 1368。5年影响因子 12.62。年发文量为 14。
被引频次总计 : 5592
去除自引的被引频次总计 : 5568
施引文献 : 5562
去除自引的施引文献 : 5543
每项平均引用次数 : 35.62
h-index : 13
每年出版的文献数
每年的引文数
被引次数最多的论文前五名是
2005年，Excoffier Laurent，Laval Guillaume 和 Schneider Stefan 的 Arlequin (version 3.0): An integrated software package for population genetics data analysis，总被引次数为 4915。
2008年，Nilsson R. Henrik，Kristiansson Erik 和 Ryberg Martin 等的 Intraspecific ITS Variability in the Kingdom Fungi as Expressed in the International Sequence Databases and Its Implications for Molecular Species Identification，总被引次数为 123。
2006年，Rabosky Daniel L. 的 LASER: A Maximum Likelihood Toolkit for Detecting Temporal Shifts in Diversification Rates From Molecular Phylogenies，总被引次数为 27。
2008年，Greenhill Simon J.，Blust Robert 和 Gray Russell D. 的 The Austronesian Basic Vocabulary Database: From Bioinformatics to Lexomics，总被引次数为 25。
5 Current Bioinformatics 期刊分析(Web of Science 数据, Jun 18, 2012)
Current Bioinformatics
（参考2011年数据）影响因子 0.976，主要发表综述。总被引次数为 111。5年影响因子 1.17。年发文量为 24。
被引频次总计 : 585
去除自引的被引频次总计 : 527
施引文献 : 467
去除自引的施引文献 : 442
每项平均引用次数 : 3.36
h-index : 12
每年出版的文献数
每年的引文数
被引次数最多的论文前五名是
2006年，Asyali Musa H.， Colak Dilek 和 Demirkaya Omer 等的 Gene expression profile classification: A review，总被引次数为 29。
2006年，Zhang Xiang-Sun，Wang Rui-Sheng 和 Wu Ling-Yun 等的 Models and algorithms for haplotyping problem，总被引次数为 21。
2006年，Tolle Dominic P. 和 Le Novere Nicolas 的 Particle-based stochastic simulation in systems biology，总被引次数为 17。
2007年，Forner Francesca，Foster Leonard J. 和 Toppo Stefano 的 Mass spectrometry data analysis in the proteomics era，总被引次数为 17。
https://blog.sciencenet.cn/blog-656335-584672.html
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