之前的推文介绍过构建多倍体遗传连锁图谱的软件 polymapR，在 polymapR 的论文发表之后，Bioinformatics 杂志于 2018 年 9 月又发表了另外一篇构建多倍体遗传连锁图谱软件的论文，标题为 “De novo construction of polyploid linkage maps using discrete graphical models”。

论文网址：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty777

这篇论文介绍的构建多倍体遗传连锁图谱的工具是利用 R 语言写的 netgwas 包中的 netmap() 模块。netgwas 中另外两个模块分别是 netsnp() 和 netphenogeno() 模块，前者用于构建标记互作网络（连锁不平衡），后者用于构建“基因型－表型”互作网络。

这篇论文提出利用 graphical models 构建遗传连锁图谱，包括 sparse Gaussian copula 或 non-paranormal skeptic 的方法。软件测试结果表明构建连锁图谱效果很好。这个软件即可以用于分析无缺失的数据集，也可以用于分析存在分型错误的数据集。netmap() 的用法很简单，如下图所示。经过实际测试发现运行速度很快，对于示例的四倍体土豆的 1104 个标记，只需要十分钟左右的时间。值得一试！

软件地址：https://cran.r-project.org/web/packages/netgwas