前面的推文介绍过针对人类基因组设计 sgRNA 的网页工具 PAVOOC 和针对植物基因组设计 sgRNA 的在线工具和软件 CRISPR-Local。今天再介绍一个 2019 年 1 月 12 日发表于 Bioinformatics 杂志上的设计 sgRNA 的软件 Crisflash。

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论文的题目为：Crisflash: Open-source software to generate CRISPR guide RNAs against genomes annotated with individual variation（https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz019）。

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论文的作者为英国剑桥癌症研究所的 Adrien Jacquin, Duncan Odom, 和 Margus Lukk。

（此处应该是 Adrien LS Jacquin 的照片，可惜没找到）

Duncan Odom

Margus Lukk

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Crisflash 软件的设计初衷在于快速设计 sgRNA，并发现潜在的脱靶位点，同时考虑性能和灵活性。Crisflash 可以基于任何测序基因组或基因组序列快速设计 sgRNA， 并可以通过用户提供的 variation 数据优化靶向精确度。Crisflash 相比于同类软件速度极快，即使只用单核CPU。Crisflash 可以高效、稳定地输出候选 CRISPR guide 寡核苷酸所有潜在的脱靶位点，并打分排序。

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Crisflash 是利用 C 语言编写的，源代码地址为：https://github.com/crisflash/crisflash。 

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安装 Crisflash 只需要下面两条命令即可：

Crisflash 的二进制文件就会出现在 bin/crisflash。

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示例命令1：

检验 candidate_sequence.fa 中所有的 sgRNA 在 genome.fa 中的脱靶位点，最多允许 5 个错配。

示例命令2：

同上，不同在于输出 Cas-OFFinder 格式

示例命令3：

同示例命令1，不同在于参考基因组序列会根据 phased_variants.vcf 中的 variant 数据做适应性地改变。输出格式类似 Cas-Offinder 格式。

示例命令4：

返回基因组中所有 PAM 序列为 "NNNRYAC" 的 gRNA 序列。

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Crisflash 的参数：

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评论：

相比于 PAVOOC 只能设计人类基因组的 sgRNA，Crisflash 不限制物种，只要给软件两个 FASTA 序列文件即可设计sgRNA、检测脱靶情况。相比于 CRISPR-Local 的源代码程序（Perl 语言编写）而言，Crisflash 是利用 C 语言编写，速度和效率占优，且支持利用 VCF 文件修正参考基因组。不过 Crisflash 相比于另外两个工具的缺点在于没有图形用户界面（网页客户端），不方便不熟悉命令行操作的研究者使用。另外，Crisflash 不支持如 CRISPR-Local 的基于 GFF 文件的针对基因区域的设计策略。

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