2018 年 11 月 22 日，瑞士、丹麦、西班牙、美国和德国研究者在 Nucleic Acids Research 杂志上在线发表了题为“STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets”的论文，介绍了 STRING 数据库的第 11 个版本。

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STRING 数据库

蛋白和它们的功能互作是细胞机制的支柱。在理解生物学现象时，蛋白之间的连接网络时需要考虑的。但目前“蛋白－蛋白”关联信息依然不完备，且表现出不同程度的注释分散度和可靠性。STRING 数据库的目的在于收集、评估及整合所有公用的“蛋白－蛋白”互作资源，并与计算机预测的结果互为补充。其目标在于成为一个综合的、专门的全球网络，涵盖直接的（物理上的）互作和间接的（功能上的）互作信息。

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第 11 个版本

STRING 数据库的最新版本号为 11.0，其囊括的物种数量相比之前翻了一番还多，达到 5090 个。其最重要的新特性在于，支持上传整个基因组水平的数据集，可以让用户把数据集可视化为互作网络，以及对整个输入的数据做基因富集分析。对于富集分析，STRING 不仅整合了著名的分析系统，例如 Gene Ontology 和 KEGG，还提供了另外新的基于高通量文本挖掘的分类系统，及基于数据库本身的关联网络的层级聚类。

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用法

STRING 数据的主页（网址为 https://string-db.org）如下图所示，其使用起来也比叫简单，输入基因名、基因序列即可搜索蛋白互作信息。

同样以拟南芥中的 PHYB 为例，搜索到的蛋白互作信息如下：

值得注意的是结果页面上的 “More” 和 "Less" 可以增加或减少互作网络的大小，其背后的机制在于增加或减小可信度的阈值。

参考资料：

1. Szklarczyk D, Gable AL, Lyon D, Junge A, Wyder S, Huerta-Cepas J, Simonovic M, Doncheva NT, Morris JH, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. STRING v11: protein-protein assocition networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets. Nucleic Acids Research, 2018, gky1131. https://doi.org/10.1093/nar/gky1131

2. STRING 数据库的网址. https://string-db.org

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