2018年11月5日，Nucleic Acids Research 上在线发表了台湾和香港的学者 Chow 等人关于 PlantPAN 网站的第三个版本的论文。

植物启动子分析浏览器（PlantPAN; http://plantpan.itps.ncku.edu.tw）是针对植物基因预测调节原件和重建转录调节网络的有效资源。PlantPAN 3.0 版本中包含从78个植物物种中收集的 17239 个转录因子。为了探索这些转录因子整体的调节情况，利用标准的数据分析流程从 662 个公开的 ChIP－seq 样品中捕获了转录因子结合位点的基因组位置。结果从 99 个调节因子（转录因子、组蛋白和其它DNA结合蛋白）中鉴定了 1,233,999 个调节链接，其靶基因覆盖七个物种。另外，这一版本还增加了从 ChIP-seq 峰中提取的 2449 个模块，用于预测顺式调节原件。除了整合 ChIP-seq 数据，这一版本为转录因子的结合事件上还有四点改进：一、1107个文献中实验验证的转录因子模块；二、两个物种间基因调节网络的的对比；三、转录因子及转录因子-DNA复合物的三维结构；四、扩大到四个物种的转录因子的条件特异共表达网络及它们的靶基因。PlantPAN3.0 不仅是研究植物转录因子中重要的顺式和反式调节元件的有效资源，还可用于在重建特定条件下转录因子和靶标之间高可信的关系。

PlantPAN3.0 的首页，包含六个模块，分别是基因搜索、转录因子/转录因子结合位点搜索、基因集分析、启动子分析、跨物种和 ChIP-seq 搜索。

参考文献：

1. Chow CN, Lee TY, Hung YC, Li GZ, Tseng KC, Liu YH, Kuo PL, Zheng HQ, Chang WC (2018) PlantPAN3.0: a new and updated resource for reconstructing transcriptional regulatory networks from ChIP-seq experiments in plants. Nucleic Acids Res. https://doi.org/10.1093/nar/gky1081

2. http://plantpan.itps.ncku.edu.tw

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