2018 年 11 月 30 日，Bioinformatics 杂志在线发表了华中农业大学 Jiamin Sun 等人完成的 CRISPR-Local 工具。CRISPR-Local 是一个在植物和其它物种中高通量设计 sgRNA 的本地工具。这一工具主要关注遗传变异，并为生成基因组规模的 sgRNA 做了优化。CRISPR-Local 相比于其它设计 sgRNA 的工具的优点在于：一、适用于无参考基因组的品系；二、可以筛选同时靶向于多基因的 sgRNA；三、比较节约计算资源；四、可以离线运行，既有命令行界面也有图形界面，也能以多种格式输出数据用于进一步的批量分析或可视化。目前，CRISPR-Local 已应用于 71 个植物基因组，既支持 CRISPR/Cas9 系统，也支持 CRISPR/Cpf1 系统。

具体使用时，CRISPR-Local 既提供了在线服务（http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR-Local/），可以通过输入若干个相应基因组的 gene ID，来设计 sgRNA，也可以把软件或源代码下载下来在自己的电脑上运行。

测试发现，该在线服务的计算速度还比较快，也会输出可能的脱靶基因位点。

值得注意的是，这是该工具是第三个版本，之前 2014 和 2017 年发表过的两个版本，分别为 CRISPR-P 1.0 和 CRISPR-P 2.0。

下图是CRISPR-Local 网站的首页：

下图是设计的 sgRNA 结果示例：

参考文献：

1. Jiamin Sun, Hao Liu, Jianxiao Liu, Shikun Cheng, Yong Peng, Qinghua Zhang, Jianbing Yan, Hai-Jun Liu, Ling-Ling Chen. CRISPR-Local: a local single-guide RNA (sgRNA) design tool for non-reference plant genomes. Bioinformatics, bty970. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty970

2. http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR-Local/

3. https://github.com/sunjiamin0824/CRISPR-Local

4. Yang Lei#, Li Lu#, Hai-Yang Liu, Sen L, Feng Xing, Ling-Ling Chen*. CRISPR-P: A web tool for synthetic single-guide RNA design of CRISPR-system in plants. Mol Plant, 2014, 7(9): 1494-1496. doi: 10.1093/mp/ssu044.
   

5. Hao Liu, Yuduan Ding, Yanqing Zhou, Wenqi Jin, Kabin Xie*, Ling-Ling Chen*. CRISPR-P 2.0: an improved CRISPR/Cas9 tool for genome editing in plants. Mol Plant, 2017, 10(3): 530-532. doi: 10.1016/j.molp.2017.01.003 .

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