raxml 是一个利用最大似然法构建进化树的软件。因其在命令行下运行，支持在大型服务器上多线程运行，广受科研工作者认可和喜爱。但 raxml 参数特别多，往往令人困惑，且如果参数设置不当会造成运行速度慢到逆天。下面这条命令经过实践发现运行速度飞快，且可以直接拿到最终的标记有 bootstrap support value 的进化树。

raxmlHPC-HYBRID-SSE3 -s seq.muscle -n tree -m PROTGAMMAJTT -T 30 -N 1000 -p 20170808 -f a -x 20170808

-s phylip 或 fasta 格式 alignment 序列

-n 输出文件名【最后输出的文件都会在这个名称基础上加上前缀和后缀；这个名称最好简单一些，比如tree-1，tree-2这样，因为名字问题也可能会慢出天际】

-m 核苷酸或氨基酸置换模型，参考软件的 help 信息选择

-T 线程数量，不超过 32， 不超过计算机的总线程数量

-N bootstrap 重复次数，一般以 1000 为宜

-p 一个用于简约推断的随机数

-f a， 选择算法，a 代表同时做快速 bootstrap 分析和搜索最佳 似然树【默认是 -f d】

-x 一个用于启动快速 bootstrap 分析的随机数

（这里测试的版本为 RAxML 8.2.8，操作系统版本为 CentOS 6.5 ）

参考资料：

1. RAXML - help.rc.ufl.edu

2. 使用RAxML分割数据并构建最大似然树（ML树）