我是2023届吴瑞奖学金获得者郑双佳，在中山大学国家超算广州中心杨跃东教授团队完成了博士训练，目前是上海交通大学长聘教轨助理教授，博士生导师。主要的研究方向是智能药物发现。在这里首先感谢我的导师杨跃东教授的悉心栽培，让我能够心无旁骛的开展智能药物的前沿研究；感谢麻省理工学院的合作导师James Collins教授，带我认识到了合成生物学的无限可能；感谢星药科技的创始人李成涛博士，过去几年里我们结伴在智能药物研发领域无畏探索；感谢吴瑞大家庭的各位前辈们对我研究的认可和指导；尤其感谢吴艳老师的邀请，让我有机会以此文回顾这几年的研究历程，希望对未来有意申请吴瑞奖学金的同学（尤其是有类似经历的“跨界”学者）有些许帮助。

 2020.06 种子

正值疫情突发，我赶忙从英国结束访问回国，准备在中大计算机学院攻读博士学位。我的导师杨老师在一天傍晚发来一条微信链接《2020年吴瑞奖学金获得者及代表论文》。他评论说，这是华人生物方向研究生最高的奖项，你毕业的时候应该要达到这个水平。这是我第一次知晓吴瑞奖学金的存在。我回复到，我现在从药学转到计算机方向读博士了，还有资格申请这个奖项吗？杨老师道：这有啥，你做人工智能与药物结合的领域, 最终还是在解决药物发现和生命科学的问题，吴瑞评委水平很高，肯定能理解你做的事情的价值。于是，从那时开始，吴瑞奖在我心里埋下了一颗小小的种子。而此时，AI与药物的交叉研究也因为疫情的出现高调地重回人们的视野里。

 2023.01 申请前期

在前几年的研究里，我们一直在试图回答两个问题，深度学习真的能够帮助药物发现吗，它和传统的计算机辅助药物设计真的有区别吗？这是两个很痛苦的问题。因为计算机辅助药物设计（CADD）从90年代兴起以来，经历了二十余年的发展，却始终未能够成为药物发现的“主流”。我的硕士导师徐峻教授带我入了门，但却留下了许多未解的难题让我们自寻探索。在2020年初，我发文《被“嫌弃”的AI药物设计》反驳了一篇认为AI在药物发现领域只是炒作的文章。不过那时的反驳更多是年轻气盛，因为刚在这个领域发了几篇小论文，有些沾沾自喜，但实际上心里是缺乏底气的。这是因为当时领域里除了一些不错的研究论文外，确实没有太多的证据证明AI能够对药物研发造成实际的影响，而当时的AI和计算方法大多只能后验式地解释生物实验发现的现象，因此我们经常戏称自己为“马后炮”选手。但我不喜欢这种思考方式。那时的我认为，可能是因为做药的人还不够相信AI，没有给AI足够的发挥空间，所以我要找一个真正相信AI的团队和社区，从AI的视角证明这件事情可以发生，这也是我从药学院去到了计算机院深造的初衷。而后当拥有理论计算机背景的李成涛博士找到我说要来做真正AI驱动的药物研发时，我毫不犹豫的加入了。

经过一段时间的磨合和暴力探索，我们积累了相当程度的成功和失败案例。比如，我们开发一系列数据驱动的深度虚拟筛选方法，在数十个具有疑难杂症的靶点上找到了具有新颖骨架的活性分子，并与经验式和CADD驱动的筛选方法进行了头对头的比较，用大量的湿实验证明AI确实在许多药物筛选场景下具备显著的先进性；比如，我们利用深度生成模型设计和优化的小分子和PROTAC得到国内外知名药企的认可；比如，一款完全由生成模型设计出来的小分子激动剂经历重重险阻被我们推进到了临床前候选化合物（PCC）阶段等。当然，我们也遇到了很多很多的失败案例，但却不影响我们切实感受到了AI对早期药物研发实打实的帮助，这里面一部分成果也陆续发表了一些不错的杂志上，得到了更多同行的反馈。通过这些非“马后炮”的研究，我认为自己终于能够初步回答最早的两个疑惑了，简单来说就是: 有帮助，有区别。所以当杨老师给我发《2023年吴瑞奖学金申请通知》时，我说，现在应该可以去试试了，我想把我的发现讲给更多人听。

孙晓红老师和杨跃东老师为郑双佳颁奖

2023.03 面试

材料的准备比较简单，主要是因为在前期为了申请博士后已经多次打磨过自己的研究思路和材料。面试前，我找了吴瑞大家庭的前辈龙尔平师兄（2020届吴瑞奖得主）询问了面试应该注意些什么，他给了我非常多好的建议，而其中最宝贵的是，他让我直面内心，讲自己所想的，讲自己所信的。面试当天早上，我紧张又兴奋。紧张是因为吴瑞的面试很特别，它不用你准备ppt，在十来分钟的时间里，你需要面对近十位生物领域各个方向的专家从头口述你那不怎么成熟的思考，而我很担心我的方向不被专家们喜欢；兴奋则是因为，竟然有可以让这么多生物领域的专家认真听我一个人胡扯，这样就会有更多的人知道我们在做什么，给我们一些积极或者消极的反馈，让我更好的打磨前进的方向。

面试开始了，面试结束了。一切发生的很快，大脑一片空白。只记得聊的很开心，虽然方向大不相同，但评委们都从不同的视角问出了非常相关和有价值的问题，能够在有限的时间里引导我说出我真正认为重要的事情。隐约记得一位老师在最后说道: 讲的不错，祝你成为生物界的Elon Musk。这里想特别感谢下那位评委老师：这确实是我的梦想，借您吉言，我会努力的。

 2023.05 通知

面试完不久我去了MIT访问（本来是去做博后的）。在美国访问的头一阵颇为艰难，因丢三落四和人生地不熟而感到惶惶不安。某天从实验室回来的晚上，突然收到了吴老师的微信电话。吴老师略带焦急地问，打你电话怎么老显示关机，你还好吗？我简单解释了原因，吴老师似乎安心了不少。接着，她略带促狭地问道，知道我为什么给你打电话吧？我笑了笑，从面试完那天开始，我就相信会有这通电话，正如我坚信AI终将能够改变制药领域一样。这通电话我们聊的很开心，吴老师的温暖的声音和获得吴瑞奖的喜悦，让我暂时忘记了在异国他乡的惶恐与不安。

 在西湖大学汇报工作

  2023.07- 颁奖，发芽与未来

7月杭州，2022年和2023年吴瑞奖学金获得者受邀参加第十二届吴瑞纪念研讨会暨吴瑞奖学金颁奖典礼。在大会之前的晚上，我们两届获奖者在美丽的西湖大学校园里边吃烧烤边分享大家的科研经历。期间，我不停地被其他获奖者的精妙研究所吸引，感慨生物领域这些年的进展比AI领域有过之而无不及，同时想象着这和我现在掌握的技术结合将能诞生出多少有趣的发现啊。正式大会上，多位知名学者做了非常精彩的报告，我们两届“新人”也汇报了自己的工作。会后有许多学者找我交流了目前AI技术的发展情况以及其在生命科学领域可能产生的影响，他们每个人眼中都闪烁着光，充满着对这个交叉方向的好奇与兴趣，让我更加坚定了自己继续前进的信念。会后的晚宴上，各个不同领域的研究者围坐着自由讨论，餐后还有各个前辈大拿分享自己的求学和找工作的经验，帮我们梳理成为PI之后的一些需要注意的问题。

在这短短两天的时光这里，我深刻感受到了多位大拿在开幕式里反复强调的，吴瑞是一种精神的传承。我对吴瑞奖的理解也逐渐从一颗小小的代表着荣誉的种子，逐渐生根发芽，长成了一颗代表着勇气与责任小树苗。灌溉它的是我自身对于研究的热爱，更是吴瑞大家庭所给予的薪火相传，生生不息的精神信念。我期盼未来，能够持续呵护这棵小树苗，俾其茁壮成长，终于在花开之际，为更多的人带来清凉与欢喜。