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#Hierarchical Cluster Analysis in R or Rstudio

#------------第一步：导入数据 ex.-------------------------------------------------

data(dune)

#-----------第二步：将原始转换成“距离”矩阵  #假设数据不需要进行标准化--------

library(vegan)

distance.ex<-vegdist(dune,method="euc",na.rm=TRUE)

#计算距离的method （Dissimilarity index）包括：

#"manhattan", "euclidean", "canberra","bray", "kulczynski", "jaccard", "gower", "altGower", "morisita", "horn","mountford", "raup" , "binomial", "chao", "cao" or "mahalanobis".

#其中"bray"是指 "Bray–Curtis Dissimilarity index"

#-----------第三步：聚类分析--------------------------------------------------------

hclust.ex <- hclust(distance.ex,method="ward.D2")

#聚类的方法包括：

#"ward.D", "ward.D2", "single", "complete", "average" (= UPGMA), "mcquitty"(= WPGMA), "median" (= WPGMC) or "centroid" (= UPGMC).

# 注意一般软件ward算法相对应的hclust中为ward.D2，小心用错

# agnes(*, method="ward") corresponds to hclust(*, "ward.D2").

#-----------第四步：作树状图--------------------------------------------------------

plot(hclust.ex,hang=-1)    # hang取负数时，树状图y轴 从0 开始。

#---------------注意点：------------------------

#（1）聚类方法"centroid" 相对应使用的距离为平方欧式距离 squared Euclidean distances.   如：hc1ust.centroid <- hclust(dist(cent)^2, method = "cen")

#（2）聚类方法"ward.D2" 相对应使用的距离为欧式距离 "Euclidean" distances.

#（3）聚类方法"average"(=UPGMA) 相对应使用的距离为 "bray"(=Bray-Curtis) distances.

#----------- 补充一 ------------------------------

library(vegan)

data(dune)

distance.bray<-vegdist(dune,method="bray",na.rm=TRUE)                 # bray 距离

hclust.bray<- hclust(distance.bray,method="average")      # UPGMA 聚类

plot(hclust.bray,hang=-1)        # 见下图，y轴的 Height 为 “Bray-Curtis不相似性百分比”。

#------------补充二--------------------------------

#{vegan} package 内还包含以下应用程序：ANOSIM，BIO-ENV，metaMDS（=nMDS），CCA,RDA,SIMPER,vegdist等

#------------参考--------------------------------

# 1. vegdist（）应用代码 https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vegan.pdf

# 2. hclust()应用代码 https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/hclust.html

# 3. 不同聚类方法的比较 https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/Cluster_Analysis.html

# 4. 实例 http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/labs/lab13/lab13.html

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