戒烟了就喝茶分享 http://blog.sciencenet.cn/u/newport 中国农科院上海兽医研究所研究员 功能基因组学及免疫信息学

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学科交叉方法点滴 精选

已有 7230 次阅读 2009-5-25 02:09 |个人分类:科研心得|系统分类:科研笔记

最近在琢磨promiscuous epitopes的问题,也就联想到学科交叉这事情,觉得我们好像没有真正深入将应该多学科攻关的问题做好。一些所谓的大项目(计划/课题)以学科交叉的名义拼凑在一起,然后分给各家去做,做了几年,完成了规定的指标(SCI文章或专利),通过了验收,最后到底(在整体系统水平上)阐明/解决了什么理论/应用问题,大多数是不得而知的。造成这种结果有多方面的原因,但我觉得主要的原因是帅才(首席)们在学识才方面还差一把火,看不透问题的本质所在;另一方面就是将才(诸侯)们不受军令或者各自心怀鬼胎,不肯或者没能力做好分解下来的工作。其次,在项目实施/运行机制上,也缺乏互补交流的机会,大家还是有点保留的,特别是做的工作非常相近时更是如此(同行是冤家啊!)。

前一周在单位里听美国人(我所一学术带头人请来的)做的一个有关猪蓝耳病(繁殖与呼吸综合症)的报告,听她介绍,这是一个多家合作申报的课题,感觉他们的项目就不是拼凑的,目标比较明确,大概是想回答猪感染繁殖与呼吸综合症病毒后与宿主相互作用的免疫与分子遗传机制,用的样本非常多,要做上千头猪的实验,大概涉及基因组学、流行病学、分子与细胞免疫学等多个学科;给我们做报告的人在分析资料时用的是免疫流行病的方法学,而得到这些数据所采用的实验全部都是分子与细胞免疫学技术。我认为这样从大的样本中得到的数据资料就经得起分析,而且也可能从中挖到具有原创意义的东西,这就是所谓数据驱动型的方法论,我们大多数人还不习惯或者是不认这一方法(大多数人只认假说驱动的方法)。

提到假说驱动的方法,我想再多谈几句话,因为假说的提出在多学科交叉研究中也非常重要,要博采众长,从交叉学科中得到灵感和启发,有可能提出好的假说,且让我举一例:

我读J.D. Murray教授的《Mathematical Biology》时(因为我要编一本免疫信息学方面书,里面涉及理论免疫流行病学的内容,也就参考了这位牛人的书;我编的书估计最近就出来了,具体内容以后给大家介绍,今天先预告一下,呵呵!),发现他的一个注解非常有趣,是讲我的本行血吸虫病的(血吸虫病和疟疾的防控涉及许多理论流行病即数学模型研究)。我将他的注解原文录在此,可以看出血吸虫病症状特征可以为考古学和历史学提供好的假说。

An interesting speculation arose from a dinner discussion in Corpus Christi College, Oxford one evening concerning this disease, which I was working on at the time. Others in the discussion included an ancient historian and an archaeologist who asked me to describe some of the symptoms of schistosomiasis. I briefly described them and how it manifested itself. When a male has the disease from early childhood he begins to pass blood in his urine around the age of 11 or so, roughly the time that girls start to menstruate in warm climates[注:埃及血吸虫寄生在膀胱与盆腔静脉丛,产生泌尿生殖器官病变,临床表现有终末血尿,膀胱刺激与阻塞等症状;与我国流行的日本血吸虫病不一样,虫体寄生于人畜终宿主的肠系膜下静脉,虫体可逆血流移行于肠粘膜下层的静脉末梢,临床表现主要是虫卵引起的胃肠道症状和肝脾肿大和纤维化等] Infected males (and females) eventually die (if untreated) in their twenties or thirties. The ancient historian then noted that in ancient Egypt it was believed that both males and females had ‘periods,’ starting about the same age. Schistosomiasis was endemic in ancient Egypt (and is still highly prevalent today—the Aswan Dam made the problem worse!). He went on to add that if a boy did not ‘menstruate’ he was clearly singled out by the gods and was destined to become a priest. The archaeologist then pointed out that it was interesting that most of the Egyptian mummies were of young people and that the mummies of older people were primarily priests. One can speculate that the reason the priests as young boys did not develop the disease is that they had some natural immunity and offers an explanation as to why priests frequently lived considerably longer than the average life span in ancient Egypt. A touch fanciful perhaps but it is not totally outside the possibility of reality and gives justification for a truly interdisciplinary society!”

瞧瞧人家的学科交叉灵感是从吃饭或者是喝咖啡时得来的,而且他们有“往来无白丁”的氛围,结交的都是不同学科的名流雅士;当然,他自己的知识结构也非常合理,不是只会列方程,进行稳定性理论分析,而是对所研究的问题有比较具体详细的了解(如除对埃及血吸虫病感染人群年龄分布这一建立数学模型必需了解的事实外,对其症状也可以说清楚),我浏览了一下他的简历,他得过艺术学硕士学位。他们得到的假说在我看来就是好的假说,(正反方面的事实是,血吸虫人群获得性免疫研究如今还在进行中;日本血吸虫在我国古代流行直接证据是在长沙马王堆女尸中发现了虫卵)。

     但如果仅仅凭自己想当然提出假说,那是非常危险的,可能会误导研究方向。如十多年前搞的夏商周断代史工程,据说该工程工作假说的提出就很成问题,加之采用的方法也存在不足,所以最后得出的结论,就问题多多了。具体细节大家可以在网上搜索一下,我就不展开了。




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