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2020 年11 月16 日，美国博伊斯汤普森植物研究所(Boyce Thompson Institute) 的 Zhangjun Fei 和Shan Wu 团队合作在Nature Communications 发表了题为Genome of Solanum pimpinellifolium provides insights into structural variants during tomato breeding的研究论文。文章研究揭示了番茄育种过程中基因组的结构变异，这为为今后的研究和基于生物多样性的育种提供了丰富的资源。

番茄的野生近缘种Solanum pimpinellium (SP) 是栽培番茄的野生祖先。由于SP 具有显著的抗逆性和强烈的风味，已成为现代番茄育种的重要种质资源。本研究报道了一个高质量染色体水平的SP LA2093 的基因组序列。基因组比较确定了LA2093 和现代品种Heinz 1706 之间的92000 多个结构变异(SVs)。对约600 份具有代表性的番茄种质资源进行基因分型，确定了在番茄驯化、改良和现代育种过程中所选择的等位基因，并发现了大量SVs 重叠基因，已知这些基因可以调节果实重量和番茄红素含量等重要育种性状。表达数量性状位点(eQTL) 分析检测了控制果实重要品质性状的主要调控因子的热点，包括表皮蜡的积累和类黄酮的合成，以及这些复杂调控网络的SVs。

番茄驯化育种中SVs 的选择 

综上，LA2093 基因组序列和已鉴定的SVs 为今后的研究和基于生物多样性的育种提供了丰富的资源。

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-19682-0