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拟南芥植物材料RNA(不含DNA污染)提取

已有 3884 次阅读 2017-12-6 14:02 |系统分类:科研笔记

拟南芥植物材料RNA(不含DNA污染)提取方法—包括幼苗、叶片、角果和种子等(Oñate-Sánchez and Vicente-Carbajosa, 2008)


1,用于拟南芥幼苗、叶片和花序材料RNA的提取方法:

首先配制提取液Ⅰ、提取液Ⅱ及7.5 M 醋酸铵,按照如下方法配制。

提取液Ⅰ(100 mL):2% SDS, 68 mM 柠檬酸钠,132 mM 柠檬酸,1 mM EDTA。

提取液Ⅱ(50 mL):4 M 氯化钠,16 mM 柠檬酸钠,32 mM柠檬酸。


1)取30~50 mg的材料,在液氮中研磨成粉,迅速转移到离心管中。

2)加入300 μL 提取液Ⅰ,充分振荡,室温静置5 min。

3)加入100 μL 提取液Ⅱ,缓慢颠倒混匀,4℃ 冰箱静置10 min。

4)加入150 μL 三氯甲烷,充分混匀,4℃,12000 rpm,10 min。

5)小心取上清,加入等体积异丙醇,颠倒混匀,4℃,12000 rpm,7 min。

6)去上清,沉淀用70% 乙醇洗一次,超净工作台吹7 min, 加入30 μL 含有DNase Ⅰ的DEPC 水溶解沉淀,37℃ 消化1 hr。

7)加入70 μL DEPC 水、50 μL 7.5 M 醋酸铵和400 μL 无水乙醇,混匀,4℃,12000 rpm,20 min。

8)RNA 沉淀用70% 乙醇洗一次,干燥RNA 并用20~50 μL DEPC 水溶解。


2,用于拟南芥角果和种子材料RNA 的提取方法:

首先是提取buffer、8 M 氯化锂和3 M 醋酸钠(pH 5.2)的配制。

提取buffer(100 mL):0.4 M 氯化锂,0.2 M Tris,25 mM EDTA,1% SDS,pH 8.0.

1)取50 mg 角果或种子,液氮研磨至粉末状,转移到离心管中,加入550 μL 的提取buffer 和550 μL 的三氯甲烷,充分混匀,4℃,12000 rpm,5 min。

2)将上清转移到新的离心管中,加入500 μL 水饱和酚和200 μL 三氯甲烷,充分混匀,4℃,12000 rpm,5 min。

3)将上清转移到新的离心管中,加入1/3 体积的8 M 氯化锂,充分混匀,4℃ 冰箱过夜或-20 ℃静置1 hr,4℃,12000 rpm,30 min。

4)加入500 μL DEPC 水,7 μL 3 M 醋酸钠和250 μL 无水乙醇,混匀,4℃,12000 rpm,10 min沉淀多糖。

5)将上清转移到新的离心管中,加入43 μL 3 M 醋酸钠和750 μL 无水乙醇,混匀,-20℃ 冰箱放置 1 hr,4℃,12000 rpm,20 min。

6)RNA 沉淀用70% 乙醇洗一次,超净工作台干燥7 min,加入含有30 μL DNase Ⅰ的DEPC 水溶解沉淀,37 ℃消化1 hr。

7)加入70 μL DEPC 水、50 μL 7.5 M 醋酸铵和400 μL 无水乙醇,混匀,4℃,12000 rpm,20 min。

8)RNA 沉淀用70% 乙醇洗一次,干燥RNA 并用20~50 μL DEPC 水溶解。


参考文献:

Oñate-Sánchez, L., and Vicente-Carbajosa, J. (2008). DNA-free RNA isolation protocols for Arabidopsis thaliana, including seeds and siliques. BMC Research Notes 1, 93.





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