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NWChem MPI 运行配置(以hpmpi 为例)

已有 9567 次阅读 2009-2-12 13:36 |个人分类:计算化学软件配置教程|系统分类:科研笔记

1,cluster 的配置类似本博客MS4的配置

主要为:开通 nfs, rsh, rlogin, rexec, 于主节点 node1,建立文件 /etc/hosts  /etc/hosts.equiv  ./.rhosts

2,hpmpi会结合lam来运行,需要先配置lam,

修改文件:/etc/lam/lam_bhost.def 为:

192.168.0.1 cpu=2 (似乎此处只能用IP,不能用localhost)

node2 cpu=2

node3 cpu=2

3,启动lam。

运行命令lamboot

若默认使用ssh,则需做第4步,否则使用rsh直接跳到第5步。

4,设置让node1 用ssh登陆 node2, node3 时不提示密码。

4.1 运行: ssh-keygen -t dsa

4.2 运行: cd $HOME/.ssh

4.3 运行: cd id_dsa.pub authorized_keys

4.4 运行: ssh node2 和 ssh node3 分别生成密钥文件于 known_hosts文件中。

4.5 运行: eval 'ssh-agent' 

                     ssh-add $HOME/.ssh/id_dsa

4.5 运行: lamboot

5,测试:

mpirun -np 6 nwchem temp.nw

或:

nwchem -np 6 temp.nw

 

 

 



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