zxhuizhang的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zxhuizhang

博文

如何在新版macOS Catalina上运行的64位VMD 1.9.4

已有 6841 次阅读 2020-9-21 21:59 |个人分类:VMD|系统分类:科研笔记| VMD, macOS, 软件

如何在新版macOS Catalina上运行的64位VMD 1.9.4


背景

Visual Molecular Dynamics(VMD)是伊利诺伊大学的理论和计算生物物理小组自1992年左右以来一直在开发的计算机分子观察软件。一个著名的分子动力学软件包( NAMD),也在这里开发,并一直受到资深分子动力学模拟研究人员的喜爱。

如今,分子观看者正在将它们的份额丢失给后来开发的UCSF Chimera,PyMOL,Cuemol等,它们具有精美的渲染功能和简单的用户界面,但VMD轻便且多功能,因为它已经存在了很长时间。 仍然是一种优势,不仅受到生物聚合物模拟研究人员的欢迎,而且也受到量子化学研究人员的欢迎。

新版的macOS Catalina

现在的计算科学家经常使用Linux OS(已长期开发和维护各种计算软件包)进行研究,但是考虑到办公室工作和日常使用,仅Linux Os 是不够的。 特别是,它不支持使用从办公室工作获得的Microsoft Office格式和打印机的使用来进行文档工作,因此大多数人可能同时使用Windows或macOS这两把剑。

在这种情况下,macOS通常是基于UNIX设计的,并且与Linux程序兼容,尽管价格昂贵,但似乎很多人都在使用macOS。

但是,随着macOS catalina(10.15)于2019年10月发布,出现了一种情况,所有运行了很长时间的32位版本程序都被切断了。结果,设法继承了计算科学领域的秘密编译程序的人停止了在macOS上的工作。如果您可以获取程序的源代码并以正确的步骤执行编译程序,则可以在Catalina上对其进行操作而不会出现问题,但是它不是像VMD这样的开源程序,因此编译程序很困难。因此,即使是官方网站也尚未发布支持Catalina的VMD版本。我也尝试了编译仪式,但是我无法解决有关FLTK的规范有些奇怪并且很快出现软件闪退等情况。

因此,似乎在不经意升级到Catalina的macOS使用者中,就出现了使用VMD的难民。

解决方案

1.新买的macOS系统,启动VMD时:

VMD从2020年4月底开始正式发布Catalina的Alpha版本。http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/alpha/

千万不需要以非官方下载链接。

安装后,如果在Finder中点击VMD 1.9.4a38,可以启动。但是使用其他途径,则显示启动失败。

尝试从终端启动命令时,根据环境的不同,可能会出现以下错误消息。

$ /Applications/VMD\ 1.9.4a38.app/Contents/vmd/vmd_MACOSXX86
dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/tcl-tk/lib/libtk8.6.dylib
 Referenced from: /Applications/VMD 1.9.4a38.app/Contents/vmd/vmd_MACOSXX86
 Reason: image not found
zsh: abort      /Applications/VMD\ 1.9.4a38.app/Contents/vmd/vmd_MACOSXX86
这是因为,新版macOS系统没有Tcl-tk语言支持。需要安装Tcl-tk语言。
通过安装homebrew(https://brew.sh/index_zh-cn)
在终端输入 brew install tcl-tk 就可以解决。
2.macOS升级系统前,就存在VMD软件
卸载已有VMD,重复一遍1步骤。或者重新安装以前的macOS。



https://blog.sciencenet.cn/blog-633126-1251552.html


下一篇:如何在window10系统下安装ubuntu系统
收藏 IP: 101.110.42.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

IP: 49.118.205.*   闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷 | 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 [5]濠碉紕鍋犻鏍礈閻旇櫣鐭夐柨鐕傛嫹   2023-9-2 18:17
   闂備礁鎼幏瀣闯閿濆棛顩查柛鎾茬劍婵ジ鏌曢崼婵嗩伂缂佲偓鐎n亶鐔嗛柛銊︾⊕濞呭﹦绱掗悩宕囨噮闁圭鍥у唨闁挎棁娉曢棄宥夋⒑濮瑰洤鐏柛鐘查叄閹椽濡搁埡鍌氬壄闂佸憡娲﹂崜娑㈡偩椤撱垺鐓曢柨鏃囧Г缁惰尙鎲搁弶鍨骇缂佸倹甯℃俊鐑藉Ω瑜庨宥夋⒑閻撳孩鎯堥柛濠冩倐瀹曪綀绠涘☉娆忎哗闂佸憡鍔忛弲婵喰掑⿰鍫熺厱濠电姴鍟伴幊鍐喐閺夋妯€鐎规洜濞€瀵粙鎮介悽娈挎Х缂傚倸鍊搁崐褰掑箲娴g瓔鏆伴梺姹囧焺閸ㄤ粙姊介崟顐炵細闁汇垹鎲¢崕宥夋煕閺囥劋绨芥い蹇氫含缁辨帡顢涘┑鎰闂佸壊鐓堟禍顏勵潖婵犳凹鏁嬮柍褜鍓熼妴鍌涚鐎n偅娅栭柣蹇曞仩濡嫰鎯侀崼鏇熺厵濠靛倸顦晶顕€鏌涢敐鍫燁仩濞存粍鎮傞獮瀣偐椤愶絽顏ч梻浣告贡閸庛倗鏁Δ鍛濞撴埃鍋撳┑鈥崇摠閹峰懐鎲撮崟鈺€铏庨梻浣筋嚙缁诲宕熷鈧崺鈧い鎴炲椤﹂绱掔紒妯哄摵妤犵偛閰f俊鍫曞炊閵婏附顏熼梻浣虹帛閵囨盯寮插☉鈶哄洭宕稿Δ鈧崘鈧梻浣哥仢椤戝倿宕戦幘璇℃Ч闂侀€炲苯鍘搁柤鍐插濡叉劙鏁冮崒姘仢闁诲繒鍋炲畷姗€寮舵禒瀣厸鐎光偓鐎n偄顏� 闂備線娼уΛ鏃堟⒔瀹ュ鐒垫い鎴濇健濡剧兘鏌嶈閸忔盯姊藉澶婄劦妞ゆ垵娼″鐑芥煃瑜滈崜銊╁箯閿燂拷
IP: 43.224.44.*   闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷 | 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 [4]闂佽崵濮嶇仦鎴掑嚱閻庤娲濆▍鏇犵矙婵犲洦鏅搁柨鐕傛嫹   2023-9-1 19:35
婵犵數濮靛ú鏍磹妞嬪簶鍋撻崹顐㈡诞闁轰礁绉归弫鎾绘晸閿燂拷
闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷  闂備焦瀵ч崘濠氬箯閿燂拷    濠电姰鍨归悘鍫ュ疾閻樼數涓嶆繛鍡樺灣閻掑﹪寮堕崼娑樺缁楁垹绱撴担楦挎闁搞劏浜竟鏇㈠Ψ閿斿墽鐦堥梺閫炲苯澧紒缁樼☉楗即宕奸姀鐘烘嫬闂傚倸鍊稿Λ妤呭箠韫囨洘顫曢柟鎯ь嚟椤╁弶銇勯弴鐐搭棤缂佲偓婢舵劖鈷掗柛顐犲灩娴犳粓鏌i弽褏鍩f鐐叉喘閹垺绻濆顓涙煠闂佽崵濮嶇仦鎴掔盎闂佸憡蓱閻╊垶骞冩禒瀣亜闁告繂瀚崠鏍煟閻樺弶鎼愰悗姘煎墴楠炲繑瀵奸弶鎴狀唺闂侀潧枪閸斿瞼绮堥敓锟�
2023-9-1 21:261 婵犲痉鏉库偓妤呭Υ鐎n剚顫曟繛鍡樻尭閻愬﹪鏌i幇顒佲枙婵¤尙绮穱濠囧Χ婢跺绱甸柣搴ㄦ涧閻倿寮澶嬫櫢闁跨噦鎷� 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 | 闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷
IP: 124.23.132.*   闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷 | 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 [3]闂備胶绮划宀勵敄閸℃稑鍨傛慨妯垮煐閸嬫繈鏌ㄩ悤鍌涘   2023-9-1 09:26
闁诲骸鐏氬姗€鎮ч崱娑樜уù鐘差儐閺咁剟鏌ㄩ悤鍌涘
闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷  闂備焦瀵ч崘濠氬箯閿燂拷       闂傚倸鍊搁悧蹇涘磻濞戙垺鍋夐柛顐f礀缁犳盯鏌i弬娆剧吋婵☆垰顑夐弻锝呪堪閸愭儳鍓伴梺鍛娚戦惄顖炲箖娴犲鍋勯柛婵嗗閸栨牠鏌i悩鍙夋悙閻庢凹鍓熼獮蹇斿閺夋垹顔婇梺闈浨归崝宀€绮堥敓锟�     
2023-9-1 17:271 婵犲痉鏉库偓妤呭Υ鐎n剚顫曟繛鍡樻尭閻愬﹪鏌i幇顒佲枙婵¤尙绮穱濠囧Χ婢跺绱甸柣搴ㄦ涧閻倿寮澶嬫櫢闁跨噦鎷� 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 | 闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷
IP: 119.84.235.*   闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷 | 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 [2]闂備礁鎲$粙蹇涘礉瀹€鈧幑銏犫攽閸犮垹缍婇弫鎾绘晸閿燂拷   2023-8-31 22:08
濠电姰鍨归悘鍫ュ疾閻樼數涓嶆繛鍡楃箚閺岋箓鏌嶉埡浣告殲缂佺姵甯¢弻娑氣偓锝庝簽缁犵儤銇勯銏☆棦闁轰礁绉撮悾婵嬪礋閵娿儰澹曢梺绋挎湰濮樸劑寮惰ぐ鎺撶厽闁靛繈鍨归弸搴ㄦ煟鎺抽崝搴㈢閸涘﹥缍囨い鎰靛亝閺傗偓
闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷  闂備焦瀵ч崘濠氬箯閿燂拷 闂傚倸鍊搁悧蹇涘磻濞戙垺鍋夐柛顐f礀缁犳盯鏌i弬娆剧吋婵☆垰顑夐弻娑樷槈閺嵮冾潊闂侀€炲苯鍘哥紒鈧担铏圭當闁逞屽墴閺岋綁骞囬鍛暞闂佷紮绠戦柊锝呯暦椤忓棔娌柟顖嗗棗鎮呴梻浣藉婵倝宕濊濡叉劕鈹戦崼鐔风彴闂佸搫顦伴崹鍦崲娓氣偓閹鎮介崹顐户缂備浇椴哥换鍫ュ蓟閸涙潙纾兼繝闈涘暙娴滈箖鏌涘☉鍗炵仭闁哄懏鎮傞幃妤€鈽夊▎娆忓彆缂備浇椴哥换鍫ュ蓟閸涙壆鐤€婵ǹ浜悾娲⒑缂佹ḿ鐭嬪┑顖欑矙閹稿懘宕熼娑樺壋闁诲函缍嗛崑鍛村箯闁秵鍋i柟鎵暩閸樻粎绱掓潏銊х疄鐎殿喖鐏氬鍕節閸愩劉鍋撻弽顓熺厸闁割偅绻嶅Σ鎼佹煛鐎i潧澧撮柡浣哥Т閻f繈宕橀鍡╁晜闂備礁鎼悧鍡浰囬鐐村仼闁靛ň鏅涚粈鍌涖亜椤撶喎绗х紒鈧径鎰拺妞ゆ柨鐏濊濠碘剝褰冮幗婊冣槈閻㈠壊鏁嗛柛鏇ㄤ簻椤ユ岸姊洪懡銈呬粶婵☆偄閰i崺鈧い鎺戯攻鐎氾拷
2023-9-1 17:251 婵犲痉鏉库偓妤呭Υ鐎n剚顫曟繛鍡樻尭閻愬﹪鏌i幇顒佲枙婵¤尙绮穱濠囧Χ婢跺绱甸柣搴ㄦ涧閻倿寮澶嬫櫢闁跨噦鎷� 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 | 闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷
闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷  闂備焦瀵ч崘濠氬箯閿燂拷   
2023-9-2 12:072 婵犲痉鏉库偓妤呭Υ鐎n剚顫曟繛鍡樻尭閻愬﹪鏌i幇顒佲枙婵¤鎷� 1 婵犲痉鏉库偓妤呭Υ鐎n剚顫曢柨鐕傛嫹 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 | 闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷
IP: 116.249.141.*   闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷 | 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 [1]闁诲孩顔栭崰姘叏闂堟侗鐎跺ù鐘差儐閸ゅ矂鏌ㄩ悤鍌涘   2023-8-31 18:00
闂佸搫顦弲婊堝垂鐠轰綍娑㈠煛閸涱厽宓嶉梺闈浨归崐妤呮⒕濮椻偓閺屾稑螖娓氬洦鐣剁紓鍌氬€归幐鎼侊綖濠靛牃鍋撳☉娅虫垵鈻介悢鍏煎€甸悷娆忓閸旇泛鈹戦钘夆枙鐎规洖鐖奸、姗€鎮╁畷鍥╂毌闂備礁鎲$敮妤€顭垮鈧畷鐢稿箣閿曗偓閻銇勮箛鎾跺ⅱ闁规灚鍔戦弻娑㈠閳╁啰绋囬梺鎼炲€栭悧妤€顕ラ崟顓涘亾闂堟稒鍟炴い蹇嬪€曡灃闁挎棁顕у璺ㄧ磼鏉堛劎绠橀柛鏍ㄧ墱缁辨帒螣閸忓ジ銈梻浣藉椤曆呮崲閹达附鍋傞柛銉墮閹瑰爼鏌eΔ鈧悧鍡涖€傞弻銉﹀仯鐟滃繑鍒婄€靛憡顫曟繝闈涙处婵瓨绻濇繛鎯т壕闁荤姵鍔楅崰鎾诲箟閹绢喖纾兼繝闈涚墑閸嬶箓姊洪棃娑欙紨闁瑰嚖鎷�
闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷  闂備焦瀵ч崘濠氬箯閿燂拷 闂備浇顫夋竟鍡涘窗閺囥垺鈷撻柛顭戝櫘閸ゆ洟鏌eΟ瑁も偓鈧柛瀣尰閹峰懘宕妷褎鍟i梻浣虹帛閸旀銆佹繝鍥ㄥ剨閹兼番鍔屽浠嬫倶閻愭潙鍔ら柤闈涚秺閺屻倝鎳為妷銉バ佺紓浣介哺缁诲啴鈥旈埀顒勬煙鐎涙ḿ绠栭棄瀣⒑閸涘﹤鐏熼柛濠冩礋婵$敻寮崼鐔峰壃婵炲濮撮鍫ュ储椤掑嫬绠归悗娑櫳戦ˉ鍡樸亜閺囩喎鍝虹€殿喕鍗抽、娑橆潩椤掍礁鈧姴鈹戦悙鑼闁绘绮岄埢鎾诲箣閿曗偓娴肩姴霉閿濆嫯顒熸繛鍏煎哺閺屻劌鈽夊Ο鍨伃闂侀潧鐗呯划娆忕暦閹惧湱鐤€閹艰揪绲块幉褰掓⒑閸濆嫬顏撮柛銊ョ埣瀹曞疇銇愰幒鎾充缓闂佺粯姊婚崕銈夋偩闁秵鐓忛柛鈽嗗幗鐎氾拷
2023-9-1 17:221 婵犲痉鏉库偓妤呭Υ鐎n剚顫曟繛鍡樻尭閻愬﹪鏌i幇顒佲枙婵¤尙绮穱濠囧Χ婢跺绱甸柣搴ㄦ涧閻倿寮澶嬫櫢闁跨噦鎷� 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 闂佽崵濮嶅鍡楊伓 +1 | 闂備焦鎮堕崕鎶藉磻濞戔懞鍥晸閿燂拷

1/1 | 闂備浇顕栭崜姘i幒妤婃晣闁跨噦鎷�:5 | 濠碘槅鍋撶徊楣冩偋閻樿违闁跨噦鎷� | 濠电偞鍨堕幐鎼佹晝閿濆洨鍗氶悗娑櫱滄禍婊堟煥閻曞倹瀚� | 濠电偞鍨堕幐鎼侇敄閸曨厾鍗氶悗娑櫱滄禍婊堟煥閻曞倹瀚� | 闂備礁鎼悧婊堝磻婵犲洤违闁跨噦鎷� | 闂佽崵濮撮幖顐︽偪閸ヮ灐褰掓晸閿燂拷

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2025-3-15 19:29

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007-2025 中国科学报社

返回顶部