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qiime2-2022.2发布啦

已有 2962 次阅读 2022-3-24 08:48 |个人分类:biology|系统分类:科研笔记

本现已发布!感谢所有参与者的辛勤工作!

提醒一下,我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年4月发布(QIIME 2 2022.4),请继续关注更新。

查看QIIME 2 2022.2 文档有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题,请在QIIME 2论坛上与我们联系!

虚拟机构建版本已经推出(q2galaxy 除外,docker 容器已经发布)
q2galaxy的Docker 镜像现已推出。查看安装指示视频

新文档:

此版本与几个QIIME 2文档项目的发布时间相吻合,这些项目提供了现在学习QIIME 2的新方法,并让我们一瞥QIIME 2文档的未来发展方向。

附加功能:

  • QIIME 2 框架

    • 对使用情况进行了一些改进/调整

    • 修复了 view_type 参数中的不一致,字符串和类现在都被接受为参数Usage.import_from_format

    • Artifact API 现已重命名为 Python3 API

  • q2cli

    • 修复了使用情况驱动程序中导致命名空间冲突的错误

    • 修复了返回不正确的使用变量的问题Usage.view_as_metadata

  • q2galaxy

    • 当通过预构建的 docker 镜像安装 q2galaxy 时,conda 环境现在已经包含在内。这会导致更大的基础映像,但使安装失败的可能性大大降低。因此,第一个作业将不再需要超过 40 分钟才能完成

    • 添加了新的使用驱动程序,以自动生成在Galaxy工具和文档中使用的RST指令

    • 修复了生成的工具中字符串清理的问题。(不寻常的字符,如将静默转换,破坏功能。)

    • 添加了新的模板函数,以提供自动嵌套和按字母顺序排列的文件。看tool_conf.xml``q2galaxy template tool-conf --help

  • q2-样本分类器

    • 在基于距离矩阵的 KNN 样本分类中添加了交叉验证

  • q2-dada2

    • 添加了对 PacBio CCS 数据的支持,以及添加了一些最终的调整和测试+数据。有关更多详细信息,请务必结帐的dada2论文(和数据 6!)这是一个包装器

  • q2-纵向

    • 添加了对自动引用公式项的支持。现在,列名相似的将被引号括起来,而不是引发错误linear-mixed-effectsmy-categoryQ('my-category')

  • q2-mystery-stew

    • 添加了更复杂的metadata交互。现在测试包括和Usage.view_as_metadata``Usage.merge_metadata




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