||
本现已发布!感谢所有参与者的辛勤工作!
提醒一下,我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年4月发布(QIIME 2 2022.4),请继续关注更新。
查看QIIME 2 2022.2 文档有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题,请在QIIME 2论坛上与我们联系!
虚拟机构建版本已经推出(q2galaxy 除外,docker 容器已经发布)
q2galaxy的Docker 镜像现已推出。查看安装指示和视频
此版本与几个QIIME 2文档项目的发布时间相吻合,这些项目提供了现在学习QIIME 2的新方法,并让我们一瞥QIIME 2文档的未来发展方向。
我们很高兴分享一个新的多界面QIIME 2教程,即癌症微生物组干预教程。本教程源自2021年发表的12,000多个与人类癌症相关的微生物组样本的数据。造血细胞移植患者纵向微生物群资料和住院组的汇编 。用户可以选择使用QIIME 2 Galaxy界面这里您可以学习如何安装),QIIME 2 命令行界面或 Python 3 API。此内容是JupyterBook,这是一个文档工具,您可以期望在QIIME 2生态系统中看到更多内容。
一个新的,免费的QIIME 2 YouTube课程 这与癌症微生物组干预教程平行。在接下来的几个月里,我们将每周发布新视频。这是我们第一个专注于Galaxy界面的视频教程系列,因此,如果您想通过Galaxy学习使用QIIME 2,这是一个很好的起点!这里提供 3.5 分钟的课程介绍。
QIIME 2 JupyterBook的预览,q2book.这是一个正在进行的工作,尚未完成,但您可以在QIIME 2存档(即.qza和.qzv文件), semantic types中找到有用的背景,,importing,以及更多主题,将帮助您加深对QIIME 2的工作原理及其原因的理解。
我们基于Jupyter Book的教程(如上所述)可以在我们用户文档的新页面上找到,标题为Jupyter Book Tutorials 。
对使用情况进行了一些改进/调整
修复了 view_type 参数中的不一致,字符串和类现在都被接受为参数Usage.import_from_format
Artifact API 现已重命名为 Python3 API
修复了使用情况驱动程序中导致命名空间冲突的错误
修复了返回不正确的使用变量的问题Usage.view_as_metadata
当通过预构建的 docker 镜像安装 q2galaxy 时,conda 环境现在已经包含在内。这会导致更大的基础映像,但使安装失败的可能性大大降低。因此,第一个作业将不再需要超过 40 分钟才能完成
添加了新的使用驱动程序,以自动生成在Galaxy工具和文档中使用的RST指令
修复了生成的工具中字符串清理的问题。(不寻常的字符,如将静默转换,破坏功能。)
添加了新的模板函数,以提供自动嵌套和按字母顺序排列的文件。看tool_conf.xml``q2galaxy template tool-conf --help
在基于距离矩阵的 KNN 样本分类中添加了交叉验证
添加了对自动引用公式项的支持。现在,列名相似的将被引号括起来,而不是引发错误。linear-mixed-effectsmy-categoryQ('my-category')
添加了更复杂的metadata交互。现在测试包括和Usage.view_as_metadata``Usage.merge_metadata
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-12-29 11:35
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社