QIIME 2 2021.8 版本现已推出!感谢所有参与的辛勤工作!
下一版计划于 2021 年 810月(QIIME 2 2021.10)发布,请继续关注更新。
看看QIIME 2 2021.8 文档有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请联系 QIIME 2 论坛!
虚拟机生成将在下周的某个时候提供,关注论坛的更新!
突破性改变
q2-sample-classifier
建立了SampleData[TrueTargets]
语义类型,允许目标元数据的输出来自split_data
和classify_samples
。请酌情更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。
以下是发布亮点:
QIIME 2 Framework
更新了Artifact, Visualization and Metadata类型的方法,该类现在包含参数,该参数接受字符串值作为输入。save(),ext每个类的默认值(如果留空)如下所示:
Metadata: blankArtifact: .qzaVisualization: .qzv
另外,Metadata.save()
现在会返回文件路径(包含可选扩展),像Artifact, Visualization
一样。
除了当前格式验证之外,还添加了允许语义验证的功能。这允许根据数据的内容和预期使用验证数据。它应该有助于防止格式的扩散(甚至可能允许将来格式的减少)。
发现并修正了一个
sUnion
归一化例程中的一个小bug修正了一个
method.signature.decode_parameters
的bugfrom_checksum_format()
增加了反斜杠开头的路径处理的确认
library(开发者)
推出了我们新的基于库的构建系统的 v1! 敬请关注未来更详细的公告。
docs
更新了关于“封闭参考聚类”的 OTU 聚类教程部分,以准确反映文件输出(数据类型:
FeatureTable[Frequency]
和FeatureData[Sequence]
)。更新了
q2studio
安装指南,以解决 QIIME 2 论坛上报告的npm
安装包依赖问题。更新了数据参考页面以包括 RESCRIPt 预印引文,略微调整了加权分类器的描述和参考文献,并引用了为未加权分类器列出的参考文献。
更新了元数据页面,以包含有关直接从 q2cli 命令行
qiime tools cast-metadata
的详细信息, 还在“实用工具”页面下添加了有关如何使用此工具的完整教程。在 Pd教程中修复了几个错误错别字。
添加了一个允许命令块错误的新命令:
allow-error
。对于应该显示带有相关错误的命令块(而不是成功运行命令)的任何文档,这将是一个有用的补充。
dev-docs
记录 QIIME 2 的去中心化出处跟踪以及 QIIME 2 档案格式随时间的变化
workshops
更新了我们的研讨会请求联系信息的详细信息
q2cli
一个新工具:
qiime tools cast-metadata
,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的q2:types
(不管是分类或连续的),这将允许用户以编程方式覆盖自动选择的q2:types
,而无需求助于sed
等工具。
q2-feature-table
更新了
summarize viz
的逻辑,以在生成直方图时限制箱数。 这有助于减少可视化的运行时间和内存要求。
q2-diversity
对 beta 相关性进行了更新:
_visualizer.py
中的mantel()
之前打开了plt.Figure()
的一个实例并且没有关闭它,消耗内存。 他们添加了一行来关闭实例并在保存后释放内存。修复了之前已损坏的 Adonis 文档。
q2-diversity-lib
在运行要求下使用Python更新了Conda recipe,以确保通过
conda install
直接安装时的兼容性。
q2-phylogeny
修正了一个
align_to_tree_mafft_fasttree
方法的bug。
以前,当n_threads
参数设置为auto
时,OMP_NUM_THREADS
环境变量将设置为 1(而不是用户计算机上可用的最大线程数)。 这已得到解决,现在当n_threads
设置为auto
时,将使用:thread:s
的最大数量。添加了过滤系统发育树的方法:因此一组提示匹配输入特征表。 语法和输出几乎是
filter-table
的同源词。
q2-sample-classifier
添加了允许针对完整数据集进行训练的能力!
q2-types
添加了新的语义类型:
FeatureData[BLAST6]
。
对 BLAST 搜索结果格式的支持将对 qiime2框架内的几个潜在功能有用。 许多序列比对器,例如 BLAST、DIAMOND、VSEARCH,都使用这种输出。
快乐Qiiming吧!