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更新亮点都有啥呢?大概是几个命令和以前不一样了。以下是发布详细信息:
QIIME 2 2020.6 版本现已发布!感谢所有参与的辛勤工作!
提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 (QIIME 2 2020.8),但请继续关注更新。
查看QIIME 2 2020.6 文档 [1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请与QIIME 2论坛取得联系!
虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新!
core_metrics_phylogenetic
: 参数已重命名,以适应目前正在使用的 unifrac 新的快速实现n_jobs
或者n_jobs_or_threads
core_metrics
& core_metrics_phylogenetic
:该短语正在替换 ,因为observed features
更好地描述了用户在 QIIME 2 中使用非分类功能的不同方式(OTU 是一个feature,但feature不一定是 OTU) observed_features
和observed_otus
core_metrics
& core_metrics_phylogenetic
:不再接受零或负整数作为参数。用户应传递给这些参数以使用所有可用的物理内核n_jobs``n_jobs_or_threads``auto
QIIME 2 框架
进一步开发,这将允许插件开发人员展示他们的插件操作的使用实例,一个不可知的界面方式! 这包括:
Usage API
改进了测试工具中的一些开发人员文档。
提高文件名的验证级别,以防止创建具有错误命名数据文件的项目。
文档
peek
qiime tools view
和 q2view 的行为q2-demux
数据资源
q2cli
QIIME 2 工作室 2
q2 功能分类器
extract-reads
操作中添加了一个trim-right
选项,允许在 3' 端修剪模拟读取。这对于 (例如,模拟来自 q2-dada2 的读取的修整选项)非常有用,以生成最佳修剪的参考序列以进行分类器训练,如此处所述[5],extract-reads
的文档!Q2-phylogeny
robinson-foulds
用于比较两个进化树!q2-cutadapt[6]
q2-composition [7]
ancom
一个错误!可视化有 (意外) 试图除以零的倾向。Q2-feature-table
merge
方法添加了一些使用示例!summarize
可视化效果有时显示扭曲的列宽度的错误Q2-alignment
mafft-add
允许将未比对的序列添加到现有对齐方式Q2-quality-filter
q-score
和q-score-joined
到相同的方法 (q-score
),并弃用q-score-joined
。此方法将在 QIIME 2 的 2020 秋季版本中删除。Q2-quality-control
filter_reads
,该新方法支持通过SampleData[SequencesWithQuality]
和SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]
比对到引用数据库来筛选和工件(也称为 FASTQ 序列数据)。你怎么能用这个?在去噪或重复之前筛选人类reads和其他非目标(或垃圾)序列。alpha_phylogenetic
和alpha_rarefaction
,这是以前在alpha_phylogenetic_alt
和alpha_phylogenetic_alt
中提供的速度和内存优化实现。 将在下一个版本中删除。q2-diversity
jensenshannon
!core-metrics
和core-metrics-phylogenetic
的 alpha 和 beta 多样性计算。有关相关API 更改,请参阅上面的"中断更改"。bioenv
导致错误的错误。q2-diversity-lib
q2-types
q2-vsearch
cluster-features-closed-reference
方法中的性能错误,导致某些用例具有潜在的显著加速。fastq_stats
, 用于使用 vsearch 将单端或配对端序列蒸馏到 FASTQ 文件统计信息中!--fasta_width 0
,在调用的 vsearch 命令上,以防止快速记录跨多行拆分q2-longitudinal[8]
q2-demux
q2-dada2
q2-sample-classifier[9]
q2-emperor[10]
更新到最新版本 1.0.1 1[11]
修复了双图箭头在可视化并行绘图时会错误地显示的问题。
修复了在分类数据中部分使用连续和发散颜色图的问题。
修复了具有排序数值和非数值的 Bug。
修复了轴设置无法从 Python API 正确加载的问题。
更新了各种依赖项。
添加了选择一组示例并保存示例名称到用户剪贴板的能力。为此,用户需要按住Shift键并选择他们感兴趣的示例:
[
添加了对非混合混合方向单索引读取的支持。
快乐QIIMING!
QIIME 2 2020.6 文档 : https://docs.qiime2.org/2020.6/ q2-diversity: https://docs.qiime2.org/2020.6/plugins/available/diversity/ RESCRIPt: https://forum.qiime2.org/t/rescript-sequence-reference-database-management-tutorial/15494 构建和测试的: https://forum.qiime2.org/t/rescript-sequence-reference-database-management-tutorial/15494 此处所述: https://forum.qiime2.org/t/right-trim-option-in-extract-reads-for-paired-end-data/14191 q2-cutadapt: https://docs.qiime2.org/2020.6/plugins/available/cutadapt/ composition : https://docs.qiime2.org/2020.6/plugins/available/composition/ q2-longitudinal: https://docs.qiime2.org/2020.6/plugins/available/longitudinal q2-sample-classifier: https://github.com/qiime2/q2-sample-classifier q2-emperor: https://github.com/qiime2/q2-emperor 1.0.1 1: https://github.com/biocore/emperor
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