zd200572的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zd200572

博文

bioconductor新的安装方式

已有 15887 次阅读 2018-12-18 14:55 |个人分类:biology|系统分类:科研笔记

今天学点R,发现bioconductor新的安装方式,于是记录一下,备忘。

1.bioconductor新的安装方式

废弃警告:

Warning messages:
1: package ‘BiocInstaller’ was built under R version 3.5.1 
2: 'BiocInstaller' and 'biocLite()' are deprecated, use the 'BiocManager' CRAN package instead. 
3: 'biocLite' is deprecated.
Use 'BiocManager::install' instead.
See help("Deprecated")
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("BiocUpgrade")
biocLite("phyloseq")

上面是以前的安装方式,已经被废弃,现在推荐使用新的安装方式安装:

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phyloseq")

理简单了,不用记之前的命令和网址了,统一到CRAN,好事!




https://blog.sciencenet.cn/blog-623545-1152204.html

上一篇:肠道微生物与结直肠癌文献阅读笔记
下一篇:[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据
收藏 IP: 114.222.150.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

1/0 | 闂佽鍓氬Σ鎺楊敇閿燂拷:0 | 婵☆偓绲鹃悧鐘诲Υ閿燂拷 | 婵炴垶鎸搁敃锝囩博鐎涙ǜ浜滈柨鐕傛嫹 | 闁荤姴鎼悿鍥归敓锟�

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2025-3-15 06:22

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007-2025 中国科学报社

返回顶部