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高水平科研结果必须要用高水平数据可视化方式展现给编辑、审稿人和读者才能赢得更多的理解和支持!利用GMT可以容易的实现三维数据可视化,这里将我多年摸索得来的独家秘方全部奉上!用GMT绘制三维图,学这一个例子就够了。提供全套解决方案,包括修复三维绘图bug之后的独家GMT版本,还有教程中所需要的所有的运行环境和程序,全部打包为Docker镜像。再也不用担心有些命令无法在你电脑上运行了。Nature子刊作者手把手教学,附带三小时4K教学视频和全部代码,将三维绘图和一些常用gmt命令和数据处理一网打尽!
先上一个效果展示图,符合你的预期再往下看
图1 Nature Communications(10.1038/s41467-020-15062-w)论文中的图1用GMT绘制的效果GMT绘图复杂组合图,建议采用先拆分后组合的策略!
这是两个二维图,完全没有难度,直接上图。
Figure 1 (a)Figure 1 (b)海底地形三维立体图+三维散点,这个必须使用我修复bug之后的gmt才能画出这种效果,所需要的所有程序都在docker镜像里面。只需简单的三个命令就可以使用,完全无压力!
海底地形三维立体图+三维散点+切片数据+切片投点和曲线,这个必须使用我修复bug之后的gmt才能画出这种效果,所需要的所有程序都在docker镜像里面。只需简单的三个命令就可以使用,完全无压力!
图1的最主要的四个子图,每一个都能够单独绘制,然后将其进行组合布局。因为gmt不是一个所见即所得的绘图软件,所以为了更方便的设置每个子图的位置,可以通过一个A4纸大小的网格作为辅助底图进行布局调整。
总共两百行代码就可搞定上面的三维+二维组合图
function preset()
{
path_data=../../data/raw
bathy=${path_data}/bathy/bathy_Longqi_cart.nc
basalt=${path_data}/sites/site_basalt_cart_zhao_bathy.txt
# 数据范围
zmin=-6
zmax=-1.5
zrange=$zmin/$zmax
xmin=-18.35
xmax=33.35
ymin=-29.9826
ymax=11.653
range=$xmin/$xmax/$ymin/$ymax
range_xyz=${range}/$zrange
xmin_eq=0
xmax_eq=20
ymin_eq=-10
range_xyz_eq=$xmin_eq/$xmax_eq/$ymin_eq/$ymax_eq/$zmin_eq/$zmax_eq
# 视角
angle_h=-40
angle_v=45
angle_view=${angle_h}/$angle_v
# 图片大小
width_x_fig=8
}
gmt begin Figure1 pdf
# (a)
move_x=0
move_y=12
# gmt basemap -JM$figwidth_inset -R$range_inset -Bwsen --MAP_FRAME_TYPE=plain
# gmt basemap
gmt coast -Ggray -JL$lon0_inst/$lat0_inst/$lat_min_inset/$l
gmt grdcontour $bathy_AUV -C0.02 -A+f3p,Helvetica+ggreen -W0.2p -GD500e -p
# 采样点
symbol_sample=c
gmt psxy $path_data/sites/M-active.txt -S$symbol_sample$si
# legend
# (d)
move_x=-1
move_y=-4
gmt basemap -JX$width_x_fig_eq/$width_y_fig_eq -JZ$width_z
gmt grdview $bathy -JZ -p -C$bathy_cpt -N${zmin_eq}+g$color_profile -Qi -I0+a45 -Wf0.5p,black
awk '{print $1/1000.0, $2/1000.0}' $earthquake | gmt grdtrack -G$bathy | gmt psxyz -JZ -p -Sc$size_eq -Ggreen -Wblack
# 东西方向
gmt basemap -JX$width_x_fig_eq/$width_z_fig_eq -JZ$width_y_
# boundary between title and legend
# symbol space legend type length (-) thickness,color space LegendName
# N 3
H 10p Helvetica Legend of figure (c)
N 2
G ${gap_rows}c
S ${left_symbol}c a 0.3c $color_active 0.2p,$color_active ${symbol_text}c Active hydrothermal field
S 1c c ${size_symbol}c $color_basalt 0
gmt end
rm tmp* gmt.history box.eq
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GMT+8, 2024-12-23 00:36
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