今天，Science上发表了一篇思辨性讨论文章，“Irremediable Complexity?”，是著名进化生物学家Doolittle等人对生物复杂性的深度思考。可能部分生物学研究人员（包括我本人）也有过类似看法，但都没有认真对待、没有深入思考。现在，也许我们真的应该认真反思：我们考虑很多生物学问题的出发点是否正确？

说了半天，那文章是讲什么的？“Complex cellular machines may have evolved through a ratchet-like process called constructive neutral evolution”。如果我没有理解错的话，复杂形状的产生并不一定都有适应性意义。看似很精细很复杂的生物学过程，如内含子剪接、RNA编辑等，可能不是由于具备什么好处而受到自然选择进化来的。更可能的是，不好不坏的中性特征固化了。产生时没什么好处，但当此特征成为了复杂系统的一部分，它就必不可少了，再丢了它会出大问题。举个例子，内含子有没有用还有争议，但包括该文的作者在内的很多牛人认为没什么用。没用，能随便丢吗？内含子出现后，重复序列不断插入，越来越长，内含子剪接与外显子序列关系越来越紧密。在高等生物中，长内含子不能随便丢失，长内含子丢失会导致附近的外显子剪接出现故障（详见本人的拙作，Niu, 2008）。

如果还不清楚，就看这个比喻吧。官场上，一个官员上去时可能没什么本领，就是运气或者其他家庭什么原因，当官之后，慢慢地与其他官员组成了一个复杂的网络，甚至与普通百姓都形成了千丝万缕的联系。这时候，牵一发而动全身，他的地位就稳固了，并且成为社会稳定必不可少的核心力量。从这个理论看，精简机构、裁员，难得很！

产生时有用吗？没用。现在可以丢掉吗，不可以，丢了会出大问题。结果是系统越来越庞大，越来越复杂。这就是Irremediable Complexity一文的思想。

谈谈我本人对此文的看法。这种思想可以说是万金油式的理论，任何现象它几乎都可以解释。但是如果我们什么都用它解释，内含子有没有用？没用；真核生物细胞核出现有没有什么好处，能否使细胞获得什么优势？没有，撞运气产生的。生物学真的不要再研究了，我们可以回家休息了。我提醒大家注意此文的目的是：生物复杂性的进化存在这种可能，当你用适应性实在解释不了了，可以用这种理论收尾。但当适应性进化还有一丝可能之前，请勿放弃，揭示适应性机理才会真正加深人类对自然界的理解。

同时，简单评价一下作者的一个小问题。文中引用了美国科学院院士Lynch关于基因组复杂性的一篇论文和一本书，这两篇文献的依据来自于Lynch与他人2003年在Science上发表的论文（The origins of genome complexity. Science 302:1401-1404）。但这篇文章的结论已经被PLoS Genetics今年发表的一篇论文否定了(Did Genetic Drift Drive Increases in Genome Complexity? PLoS Genetics 6:e1001080)。由于与Science的竞争关系，Nature编辑部专门HIGHLIGHT了一下这一进展。网友也可以参见本人的博客《研究进化需要考虑进化关系》http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=367873。作者目前还把Lynch的小种群理论作为可靠结果或可信理论引用，有些不应该。

Gray MW, Lukes J, Archibald JM, Keeling PJ, Doolittle WF (2010) Irremediable Complexity? Science 330:920-921

Niu DK (2008) Exon definition as a potential negative force against intron losses in evolution. Biol Direct 3:46