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贝母(Fritillaria)的基因组大小(1C)达30.15 Gb至85.38 Gb之巨,这种超级基因组如何形成的?
一般认为,少数一些重复序列(特别是一些反转座子序列如LTRs)的扩增是导致基因组庞大的主要原因。最近Kelly等(2015)通过454测序,分析了贝母属中几个代表性物种的基因组序列,研究揭示,除了转座子重复序列,贝母基因组内成千上万的低拷贝重复序列是这种超级基因组的重要组成部分,而非从前认为的少数几种重复序列所致。作者还讨论了基因组的表观遗传机制作用于这些低丰度的重复序列,导致这些重复序列从基因组中清除变得十分困难。
Kelly, L.J., S.Renny-Byfield, J. Pellicer, J. Macas, P. Novak, P. Neumann, M.A. Lysak, P.D.Day, M. Berger, M.F. Fay, R.A. Nichols, A.R. Leitch and I.J. Leitch. 2015.Analysis of the giant genomes of Fritillaria (Liliaceae) indicates that a lackof DNA removal characterizes extreme expansions in genome size. New Phytol.
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