清洁型小流域建设主要是为了防治非点源污染，在治理水土流失的同时，保护和改善流域水环境。非点源污染也称为面源污染，是指的非点源污染物（如化肥、农药、农村生活垃圾、污水和养殖业废物等）随径流冲刷、泥沙和地下水等进入地表水体的污染。非点源污染对水土流失具有一定的依附性，因此，传统的小流域治理在一定程度上也可以减少非点源污染。但清洁型小流域与传统的流域治理，主要有以下的不同

1.减少非点源污染物来源，发展林业生态工程，改善农田生态环境，发展生态农业与保护性耕作措施（如覆盖措施），增加土壤的保肥保水能力，合理使用化肥农药，减少流失；妥善处理农村生活垃圾、污水和养殖业废弃物（如发展沼气）。

2.控制污染物向地表水体的输送，除了一般的水土保持措施外，可以再坡耕地上每隔一段距离设置等高灌草带（灌木篱）过滤坡面径流中的泥沙及其携带的污染物，在河流水域岸边恢复滨岸带植被，乔灌草相结合，形成缓冲湿地，沉淀过滤坡面径流中的泥沙和污染物。在坡面、村庄排水系统的下方设立沉砂池和栏污栅。

 

3. 采用生物措施消除水体中的污染物，有条件的话，在流域下游（或水源地的上方）设立人工净水湿地，种植挺水和沉水植物等（如荷花、芦苇），吸收水中溶解的污染物，特别是氮磷等富营养化盐类，消除污染