2、气候变化研究中心：中国科学院学部，北京大学

　　3、肿瘤学研究协同创新中心：中山大学，复旦大学，中国医学科学院

　　4、天津化学化工协同创新中心：南开大学，天津大学

　　5、量子调控研究协同创新中心：南京大学，中国科学技术大学

　　6、量子物质科学协同创新中心：清华大学，北京大学，中国科学院物理研究所

　　7、太空信息工程协同创新中心：西安交通大学，西安卫星测控中心，中国空间技术研究院西安分院，

        中国科学院西安光学精密机械研究所

　　8、先进地面交通创新联盟：北京理工大学，东南大学，哈尔滨工业大学，华中科技大学，清华大学，同济大学

　　9、绿色交通技术产学研协同创新联盟：武汉理工大学，长安大学，大连海事大学

　  10、生物技术药物研发与成果转化协同创新联盟：四川大学，北京大学，清华大学，复旦大学，浙江大学等

　  11、国家清洁能源协同创新中心：南京大学，协鑫集团

　　12、中国燃料电池汽车技术创新战略联盟：同济大学，清华大学，武汉理工大学，重庆大学等

　　13、拓扑材料科学与技术上海协同创新平台：上海交通大学，复旦大学，上海技术物理研究所，上海微系统所等

　　14、司法文明协同创新中心：中国政法大学、吉林大学、武汉大学

　　15、知识经济与法制发展协同创新中心：中南财经政法大学、中国政法大学、北京大学^[2]

　　16、中国西部文化创意产业协同创新研究中心：西安交通大学，香港理工大学

　　17、主要粮食作物生物学协同创新中心：中国农业大学，华中农业大学，西北农林科技大学

　　18、畜禽健康养殖协同创新中心：中国农业大学，华中农业大学，西北农林科技大学

　　19、合肥物质科学技术中心：中科院合肥物质科学研究院，中国科学技术大学

　　20、经济学理论与实践协同创新中心：上海财经大学、清华大学、西南财经大学

　　21、中华创新药物联合研究中心：北京大学、台湾大学、香港大学、澳门大学

　　22、“两型社会”建设协同创新中心：中南大学、湖南大学、武汉大学、湖南科技大学^[3]

　　23、玉米水稻小麦生物学协同创新中心：中国农业大学、西北农林科技大学、华中农业大学

　　24、能源材料化学协同创新中心：厦门大学，复旦大学，中国科学技术大学

　　25、生物医用材料2011协同创新中心：四川大学、华南理工大学、武汉大学

　　26、钢铁共性技术协同创新中心：北京科技大学，东北大学，钢铁研究总院

　　27、水安全与水科学协同创新中心：河海大学、清华大学、长江三峡集团

　　28、先进磷化工技术与装备协同创新联盟：四川大学，厦门大学，清华大学，华东理工大学，武汉工程大学

　　29、轨道交通安全协同创新中心：北京交通大学、西南交通大学、中南大学

　　30、特殊区域公路大通道协同创新中心：长安大学、同济大学、大连海事大学

　　31、长江黄金水道绿色和安全技术协同创新中心：武汉理工大学，河海大学、重庆交通大学

　　32、阻燃材料与技术协同创新联盟：四川大学、中国科学技术大学、上海交通大学、

        北京理工大学、北京化工大学、浙江大学、东北林业大学、公安部四川消防研究所、公安部天津消防研究所等

　　33、雷达技术协同创新中心：西安电子科技大学、国防科技大学、哈尔滨工业大学、

        北京理工大学、电子科技大学、中国电子科技集团

　　34、马克思主义协同创新中心：中国人民大学、复旦大学、武汉大学、中山大学、中央编译局、中国社会科学院　

　　35、农业高效用水协同创新中心：西北农林科技大学 中国农业大学 武汉大学

　　36、有机发光显示（OLED）协同创新中心：华南理工大学、清华大学、上海大学、东南大学

　　37、中国金融发展与金融安全协同创新中心：西南财经大学、国家审计署、中国银监会、中国人民大学、武汉大学

　　38、山西煤炭产业协同创新中心：中北大学、太原理工大学、中科院山西煤化所、焦煤集团、太重煤机等单位

　　39、无线通信技术协同创新中心：东南大学、清华大学、电子科技大学、北京邮电大学、

        哈尔滨工业大学、重庆邮电大学、南京邮电大学

　　40、气象灾害预警预报与评估协同创新中心：南京信息工程大学、中国科学院大气物理研究所、

        国家气象中心、国家气候中心、中国气象科学研究院、中国人民解放军理工大学、

        成都信息工程学院、中国电子科技集团公司第十四研究所

　　41、中国文化“走出去”协同创新中心：北京外国语大学、中国人民大学、罗马大学、国际汉学会

　　42、中国财政发展2011协同创新中心：中央财经大学、上海财经大学、中南财经政法大学、

        东北财经大学、江西财经大学、山东财经大学、北京国家会计学院、上海国家会计学院、厦门国家会计学院

       统计截止于2012年8月30日